寺院于1646年建立之时并不在
红原县境内，而是在
甘孜，据说是藏传佛教七觉士之一毗诺住过的地方，初建时称麦儒寺。麦儒寺几经辗转，于1929年随麦洼部落迁到阿木卡口，彼时为帐篷寺院。1940年，麦洼的万象大慈法轮林为结束帐篷寺院的历史奠基建寺，此后，人们习惯上称寺院为麦洼寺。1958年大经堂完工，并建成大佛塔一座。“民改”时期，麦洼寺定为保留寺院，实行寺庙改革，反掉宗教特权，僧侣大部回家。“文革”时期寺院建筑大多被毁弃。1979年，麦洼寺恢复帐篷寺院并由谢拉甲木参主寺。1982年10月十世班禅大师认定寺庙选址在阿木卡口，并亲自批示：“为了继承和弘扬佛法，请将万象大慈法轮林，恢复重建在阿木柯”。1983年，由国家拨款、群众捐资助工开始修建我们看到的麦洼寺。1990年新的大殿基本完工，并逐步建成五明佛学院和修行院各一所，成为川西北最大的宁玛派寺院。
麦洼寺作为一座藏传佛教宁玛派寺院，历史渊源十分悠久。宁玛派是11、12世纪逐步形成的一支藏传佛教派别，人们习惯上也称之为红教。宁玛派遵奉由莲花生、无垢友、毗卢遮那和娘定内增桑波等人传承的密教典籍，以弘扬旧密咒为主。
在寺院的周围靠近公路的一侧，一条长长的转经房绵延近1公里，如同一座壮丽的长廊，与寺院背靠的群山一道，将整个寺院合抱在一起。寺院的山门就设在转经房的中段，进入山门，沿着公路可以直抵寺院大殿。
寺院大殿自1984年动工至1993年全部竣工，历时十年。新落成的寺院大殿长63米，宽48米，高21.5米，共分三层，总建筑面积达6048平方米。大殿位于山腰，座势向南，四面环山，前有阿木柯河蜿蜒流过，蓝天白云，高原绿野，更加映衬出庙宇的雄伟巍峨。大殿采用钢筋混凝土结构，将传统宗教艺术与现代建筑材料结合，是典型的藏汉风格结合的建筑，修建时曾有全国各地能工巧匠共同协作，各施才艺，共同完成这座堪称藏文化和宗教艺术的殿堂。大殿为方形建筑，殿顶为歇山顶黄琉璃瓦，殿背饰铜底镏金法轮，殿堂内雕梁画栋，浮雕朱柱，色彩艳丽，金碧辉煌。三层大殿，一层为大经堂，二层为藏经楼，三层为金殿。