黄三文，男，汉族，1971年出生于湖南岳阳，中共党员，博士，中国科学院院士，中国热带农业科学院院长、党组副书记、研究员、博士生导师。

1971年，黄三文出生于湖南省岳阳市。

1989年9月—1993年7月，就读于北京农业大学（现中国农业大学）蔬菜学系，毕业获学士学位。

1993年9月—1996年7月，就读于中国农业大学蔬菜学系，毕业获硕士学位。

1996年7月—2000年9月，任中国农业科学院蔬菜花卉研究所蔬菜育种室助理研究员。

2000年9月—2005年1月，就读于荷兰瓦格宁根大学植物科学系，毕业获博士学位。

2005年2月—2016年12月，任中国农业科学院蔬菜花卉研究所生物技术室研究员、博士生导师、室主任。

2017年1月—2017年5月，任中国农业科学院深圳农业基因组研究所研究员、博士生导师。

2017年5月—2021年4月，任中国农业科学院深圳农业基因组研究所所长、党委副书记。

2021年4月—2022年6月，任中国农业科学院副院长、党组成员，深圳农业基因组研究所所长、党委副书记。

2022年6月，任中国热带农业科学院院长、党组副书记。

2023年11月，当选为中国科学院院士。

黄三文主持绘制了多种蔬菜基因组序列图；阐明了蔬菜驯化的遗传基础，为分子设计育种提供了理论框架；揭示了蔬菜品质的分子机制，提出了蔬菜风味改良路线图；发起了“优薯计划”，旨在利用基因组设计育种将马铃薯由四倍体无性繁殖作物驯化成二倍体种子繁殖作物，变革马铃薯的育种和繁殖方式。

截至2023年11月，黄三文共发表SCI论文140余篇。

2015年—2022年，黄三文共指导5位学生获得中国农业科学院优秀博士、硕士学位论文奖励。