早在500年前，黄土沟这里是芦荡深处的土墩子，战乱时期，孙、王、曹、邵、汪五姓迁居到土墩子上。五姓氏的先辈们主要依靠
扳罾打簖和耕种土墩子周围开垦的园垛维持生计。庄上一直流转着这样的俗语“孙、王、曹、邵、汪，五姓住一庄，为了一碗汤，各有人一帮。黄土沟，十年九不收，遇到一年收，锅巴团子晒墙头。”就是说黄土沟人割柴、打鱼都得组团，是为了防土匪，遇上丰年黄土沟人很注重防荒年。
传说某一年秋天，曹家第一世祖曹筱田到自家园垛上翻地时翻出八大缸黄金宝贝，曹筱田不知这财气是不是自己的，当即就剪下自己头上的辫子，倒插在这八大缸黄金宝地上，祷告说：“如果这是我的财气，就请到我家院内天井里，如不是我的财气就算了。”曹筱田耕种完园垛就回了家，进了家院门，天井里果真出现了八大缸黄金宝贝。曹筱田从此发迹，买得良田无数，耕田耙地的耕牛近百，成了小村落里的第一富豪人家。在小村落的东头，曹家有一个大牛汪，每天九十九头牛下汪，可到牛汪里一数是一百头，传说这百头牛中有一头是神牛。这么多牛天天下汪出汪，来来去去常年走，就走出了一条沟，因这里的泥土是黄的，当时这里没有地名，人们就把这牛走出的黄泥沟用作土墩子的地名，叫黄泥沟。因泥和土是一个意思，叫起来也顺口，后来就改名为黄土沟。
岁月造就了一批批能人志士。如曾任北洋军阀吴佩孚部少将旅参谋长的王友章（字焕斋），日本留学生、空军驾驶员王毓生，还有曾留学英、法、美，任最高法院推事的孙监三，建国后曾任
江苏省水利厅副厅长，也曾做过江渭清秘书等职务。
抗日战争年代里，黄土沟的孙学宠、王有余、王之成等有志青年挺身而出共赴国难。地方武装的中队长李德清、孙志沛、邵长万、曹文亮等民兵干部，用游击战术与日伪军和国民党中央军残匪周旋，为保卫地方捍卫红色政权浴血奋战。
黄土沟最多时达3400人口，为县内第三大（除近湖、上冈）人口聚集区。庄内南北街道6条，有派出所、供销社、信用社等商业服务设施，轮船站南北通达，直到改革开放后才停业。如今的黄土沟还有人口2000以上，辖11个村民小组，是全县重大的人口居住地之一。