黄梅县环保局是县人民政府主管全县环境保护事业的职能部门，对全县环境保护工作实施统一监督管理。
机构职责
（一）贯彻执行国家环境保护的方针、政策、法律法规，制订全县环境保护的规章、办法，并监督实施；协同有关部门制订全县有关环境保护的经济技术、资源配置和产业发展政策，并贯彻执行；组织对全县重大经济政策的环境影响评估。
（二）拟订全县环境保护规划和计划，参与制订全县经济社会发展中长期规划与年度计划、国土开发整治规划、区域经济开发规划、产业发展规划以及资源节约与综合利用规划；管理全县环境统计和环境信息工作，编报县级环境质量报告书。
（三）监督全县实施环境保护国家标准（环境质量标准、污染物排放标准、环境基础标准、环境方法标准、标准样品标准）及环境保护行业标准，制订并监督实施环境保护地方标准（环境质量标准、污染物排放标准）。
（四）负责全县大气、水体、土壤等环境保护工作，监督管理全县废气、废水、废渣、粉尘、恶臭气体、放射性物质、有毒化学品以及噪声、振动、电磁波辐射等污染防治工作，监督全县执行国家禁止（或严格限制）建设的重污染项目名录和有毒化学品优先控制名录；负责全县化学品环境管理工作；受县政府委托，处理涉及县外环境污染纠纷，协调全县地域间环境污染纠纷，对全县重大环境污染事故和生态破坏事件进行调查处理。
（五）监督管理全县自然环境保护工作，负责全县自然保护区的区划、规划工作，向县政府提出新建县级自然保护区审批建议；指导全县生态农业建设；监督全县对生态环境有影响资源开发活动；负责乡镇企业环境管理，组织开展乡镇环境综合整治。
（六）实施全县排污申报登记与排污许可证、排污费的核定、环境影响评价“三同时”等项目环境管理制度，审批全县限额内开发建设项目、技术改造项目和区域开发建设项目的环境影响报告书；指导全县城镇环境综合整治工作，负责全县污染物排放总量的控制,负责环境目标责任制的实施以及组织协调全县环境综合整治的定量考核工作。
（七）执行国家环境保护技术政策，制定并组织实施全县环保科技发展和产业发展规划；负责全县环境科技成果的管理工作和环境保护设备的质量监督工作。
（八）管理全县环境监测工作，监督执行环境监测制度，组织全县环境监测网络的监测。
（九）组织和协调全县环境保护宣传教育工作，规划和组织全县环保系统教育工作，规划和组织全县环保系统在职人员的岗位培训与继续教育。
（十）负责县环境保护委员会日常工作，承办上级交办的其他事项。
内设机构
县环保局内设：办公室（挂财务股牌子）、环境管理股、科技监测法规股，下属环境监测站、环境监察大队两个二级单位。各股室、单位工作职责如下：
1、办公室
协助局领导组织协调本局日常管理工作，负责本局会议组织、文电处理、档案保密、治安保卫和行政后勤管理工作；指导全县环保队伍建设，承担本系统在职人员岗位培训和继续教育工作，负责本系统的党群、人事、机构编制、劳动工资工作、精神文明建设和退休人员的服务管理工作。
2、环境管理股
组织实施全县排污申报登记与排污许可证、排污总量控制、排污收费、环境影响评价“三同时”及城市环境综合整治定量考核等环境管理制度，负责全县环保示范工程项目、基本建设项目的立项申报、审批和建设项目环境影响报告书的审批及“三同时”的验收把关工作；负责环境保护行政执法业务工作，审核环保执法案卷，申请法院强制执行及行政复议、应诉工作；负责环保执法解释和环保听证工作；组织全县环保执法检查，协调地域间环境污染纠纷，负责全县“12369”环保热线的受理工作，调查处理环境污染事故和生态破坏事件，县内重大污染纠纷、事件的情况通报及有关联系工作；实施环保先进企业评选制度，负责清洁无害化工厂建设和排污费征收管理工作的指导，负责有毒化学品和放射性物质的环境管理及有害废物的管理，承担全县环保统计、信息工作；办理县人大提案和县政协议案、提案，负责县环委会日常工作。
3、科技监测法规股
负责国家环保政策、法规、标准的研讨和地方性规章的起草工作。拟订全县环境保护规划、计划，参与全县经济社会发展规划、计划的制订和城镇总体规划中环保内容的审核，编制全县环保产业、环境科技的发展规划和自然保护区的区域和建设规范指南及环境状况公报；组织实施国家环保产业政策、经济技术资源、自然保护与乡镇企业污染防治政策及其法规和标准；组织生物多样性保护工作，对各类自然保护的管理、野生动植物的保护工作实施监督；指导生态农业、生态示范工程建设及对生态环境有影响的资源开发活动，管理全县环境污染工程设计资格认证、环保设备质量监督及认证工作和环境标志，负责全县环境科技攻关的组织、成果的管理、环保技术的引进。
4、环境监测站
对本行政区域各项环境要素进行经常性监测、掌握和评价环境质量状况及发展趋势；对本行政区域有关单位污染物排放情况和污染治理设施分别进行监督性监测和“三同时”验收监测，为政府执行各项环境法规、标准和推进环境管理工作提供监测依据；负责区域环境质量评价和建设项目环境影响评价，并承担和参与有关规划的环境影响评价。
5、环境监察大队
贯彻实施国家和省市环境保护有关法律、法规、政策和规章，依法对辖区内单位或个人执行环境保护法规的情况进行现场监督检查；负责全县环境污染事故、生态破坏和污染纠纷的调查以及生态环境的监察；参与建设项目环保设施竣工验收和污染源限期治理项目年度计划编制；指导全县排污申报登记、核定工作；负责全县污水、废气、固体废弃物、噪声、放射性物质等超标排污费和排污水费的征收工作；承担全县环境监察员培训和本级行政主管部门或上级环境监管机构委托的其他执法工作。