黄楠雁出生在一个体育世家里。黄楠雁的父亲黄霞飞是一名足球运动员，70年代入选过国家队，她的母亲胡爱莲则是体操运动员。胡爱莲1982年给黄楠雁买回来一双简易羽毛球拍，这对羽毛球拍把黄楠雁打开了体育之路。
黄楠雁10岁的时候，进了南宁市体校，1989年获得了全区少年儿童羽毛球锦标赛的冠军，并因此被招进了
广西羽毛球队。
1997年，黄楠雁代表中国队与队员刘仲合作，在
亚洲羽毛球锦标赛中获得了女子双打的冠军，这是黄楠雁拿到的第一个国际大赛的冠军。
2000年，在
尤伯杯羽毛球赛（世界上最高水平的女子
羽毛球团体赛）上，黄楠雁与队友合作，夺得了团体赛世界冠军。在2000年举行的
悉尼奥运会女双比赛中，她与队友杨维获得了女子双打亚军。