黄色荧光蛋白（Yellow Fluorescent Protein ，YFP）可以看做绿色荧光蛋白的一种突变体，最初来源于维多利亚多管水母（ Aequorea victoria）。相对于绿色荧光蛋白，其荧光向红色光谱偏移，而这主要是由于蛋白203位苏氨酸变为酪氨酸。其最大激发波长为514 nm，最大发射波长为527 nm。

应用

像绿色荧光蛋白一样，YFP是细胞生物学和分子生物学中一种非常常用的报告基因。

目前，有三种改良的黄色荧光蛋白： Citrine, Venus, and Ypet。这三种改良的蛋白荧光更亮，更稳定，而且成熟更快，因此应用广泛。黄色荧光蛋白最常用于荧光共振能量转移，作为荧光能量的接受体（acceptor）。