乱世造英雄, 成王败寇, 手段与过程全不重要, 胜利者最终亦必为世人所认同, 有理说不清, 对错总是永难辨别. 野心家袁世凯派遣心腹齐崎, 吴梦贞南下执行秘密任务, 黄飞鸿查得二人目的之馀, 亦赫然得悉崎的真正身份, 他正以袁手下之名作掩饰而暗中进行一个更惊世的恐怖阴谋. 崎见事情一波多折, 为免再节外生枝, 立下绝对不留活口的毒辣决定......
辛亥革命胜利了，中国将走向何方？带着对新民国的疑问，黄飞鸿（
赵文卓饰演）携徒从日归来。途中邂逅十三姨（
邵美琪饰演）昔日同窗----女记者吴梦贞（
吴绮莉饰演）。
黄飞鸿回国后，在吴梦贞的介绍下为
袁世凯心腹齐崎（
林保怡饰演）承揽负责印钞之事，更在吴梦贞大力协助下攻破洋鬼子操纵的印钞集团。宝芝林站稳了脚跟，成了政府承认的银号，公开发行钞票大量收购黄金。
十三姨对黄、吴二人频频接近暗生醋意，但她自己又因被齐崎追求而烦恼。无意中，十三姨发现了吴梦贞与齐崎的暧昧关系。原来吴梦贞是齐崎的义妹，二人效力于袁世凯，齐崎乃皇室后裔，一心想借袁世凯之力复国称帝。此时，黄飞鸿也发现吴梦贞用宝芝林的黄金大量购进的不是粮食西药而是军火。
蛰伏已久的“华语新武侠掌门人”徐克在1996年暑期携新作强势出击，而此次他抢滩的不仅是银幕，更有他的第一部荧屏作品———《黄飞鸿新传》。 这次是1979年之后从未染指电视剧的徐克首度拍摄电视剧，外界传闻他因电视剧制作粗糙而不愿自砸招牌的说法也在这部电视剧中得以证实，因为短短的22集作品，徐克竟然动用了2000万港元的制作成本，全部采用
电影胶片拍摄，而在主创阵容中，他也请来了赵文卓、邵美琪、莫少聪、林保怡、吴绮莉以及
元彬等人，画质之高，武打场面之新颖，阵容之豪华，堪称荧屏罕见。