1257年,蒙古军队南下入侵大越陈朝。此时的蒙古军队已征服了亚洲的广大地域,灭大理国,具有很大的优势。朝廷的多名高级官员对此态度消极,太宗的弟弟钦天王陈日晈甚至建议投靠南宋。但太宗最终听从了太师陈守度的建议,亲自率兵抗击蒙古。在平厉原的战斗中,陈太宗亲自督战,黎秦奋勇当先,单骑冲入敌阵,神态自若。此战使太宗对黎秦十分赞赏。黎秦认为蒙古军强大,建议太宗退往泸江,得到太宗的采纳。
由于这次战役的功绩,黎秦被
陈太宗升为御史大夫。他又迎娶了昭圣公主(即李昭皇)为妻。这次婚姻,同陈朝时期众多的婚姻一样,受到后世的越南史官的广泛批评。昭圣公主后来在1278年死于古法州。黎辅陈与她育有一子一女:上位侯黎琮、应瑞公主黎珪。
1258年,黎辅陈与周博览作为陈朝的使者,被派往元朝,签订和平协议。协议规定陈朝每三年一次向元朝进贡,著为定规。同年,陈圣宗正式举行登基大典。翌年,任命黎辅陈为水军大将军。