多年生沉水草本。茎圆柱形,表面具纵向细棱纹,质较脆。休眠芽长卵圆形;苞叶多数,螺旋状紧密排列,白色或淡黄绿色,狭披针形至披针形。叶3-8枚轮生,线形或长条形,长7-17毫米,宽1-1.8毫米,常具紫红色或黑色小斑点,先端锐尖,边缘锯齿明显,无柄,具腋生小鳞片;主脉1条,明显。花单性,
雌雄同株或异株;雄佛焰苞近球形,绿色,表面具明显的纵棱纹,顶端具刺凸;雄花萼片3,白色,稍反卷,长约2.3毫米,宽约0.7毫米;花瓣3,反折开展,白色或粉红色,长约2毫米,宽约0.5毫米;雄蕊3,花丝纤细,花药线形,2-4室;花粉粒球形,直径可达100微米以上,表面具凸起的纹饰;雄花成熟后自佛焰苞内放出,漂浮于水面开花;雌佛焰苞管状,绿色;苞内雌花1朵。果实圆柱形,表面常有2-9个刺状凸起。种子2-6粒,茶褐色,两端尖。植物以休眠芽繁殖为主。花果期5-10月。2n=16。
与“黑藻(原变种)Hydrilla verticillata (L.f.) Royle var. verticillata”相关的变种有:
黑藻Hydrilla verticillata (L.f.) Royle
罗氏轮叶黑藻(变种)Hydrilla verticillata (L.f.) Royle var. Roxb.ii Casp.