黑龙江中医药大学附属第二医院是一所集医疗、教学、科研于一体，突出针灸、推拿、康复特色的综合性三级甲等中医医院

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内设科室共92 个，包括：行政科室 36 个：院办公室、组织部、工会、宣传统战部、人事档案科、财务科、审计科、物价科、经济管理与质量控制办公室、纪检监察办公室、行风工作办公室、科技科、临床研究部、研究生科、教务科、重点学科建设办公室、继续教育科、外事工作办公室、医务科、医保科、护理部、门诊部、住院处、2药剂科、设备科、感染科、病案统计科、信息网络中心、制剂室、资产管理部、后勤管理部、营养膳食科、保卫科、车队、重点实验室办公室、质控科、学生工作办公室；业务科室 56 个：针灸科一病房、针灸科二病房、针灸科三病房、针灸科四病房、针灸科五病房、针灸科六病房、急重症病房、推拿科一病房、推拿科二病房、推拿科三病房、推拿科四病房、康复科一病房、康复科二病房、康复科三病房、骨伤科一病房、骨伤科二病房、骨伤科三病房、妇科一病房、妇科二病房、外科病房、肺病病房、肾病病房、肝脾胃病病房、老年病病房、内分泌病病房、周围血管病病房、肛肠病病房、皮肤科病房、儿科病房、心病一病房、风湿科病房、心病二病房、康复中心、体检治未病中心、针灸科门诊、内科门诊、男科门诊、乳腺病科门诊、感染性疾病科、口腔科一诊室、口腔科二诊室、耳鼻喉科门诊、眼科门诊、美容科门诊、推拿科五门诊、放射科、检验科、物理诊断科、腔镜室、病理科、输血科、手术室、麻醉科、配送中心、供应室、导诊、收款挂号室、跃进社区卫生服务中心、干部保健门诊。

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