联合省共辖1市、38县、3旗，分设5个专区。第一专区，辖北安、德都、依安、拜泉、克山、克东、通北、海伦、绥棱、庆安、铁骊、绥化、通肯、绥东14县；第二专区，辖龙江、嫩江、讷河、富裕、甘南、景星、泰来、龙东县和依克明安旗；第三专区，辖青冈、望奎、明水、林甸、安达、兰西6县；第四专区，辖肇州、扶余、肇东3县和杜尔伯特、郭尔罗斯后旗2旗；第五专区，辖瑷珲、呼玛、
漠河、逊克、乌云、孙吴6县。
1947年9月16日，
东北行政委员会决定，将黑嫩联合省重新划分为黑龙江、嫩江2省。除安达县划归
嫩江省管辖外，原管辖区域不变。同时撤销第一、第二、第三、第四专区，第五专区仍恢复为黑河专区，归黑龙江省管辖。