根据《中共中央办公厅、国务院办公厅关于印发〈黑龙江省机构改革方案〉的通知》（厅字〔2018〕107号）制定。
主要职责
（一）负责推进综合交通运输体系建设，组织编制综合交通运输体系规划，协调指导综合交通运输枢纽规划和有关管理工作。
（二）贯彻执行国家公路、水路行业发展战略、方针政策和法律法规。组织拟订公路、水路行业地方性法规、省政府规章草案、政策、规划和标准并贯彻实施。参与拟订物流业发展战略和规划，拟订有关政策和标准并监督实施。指导公路、水路行业有关体制改革工作。
（三）承担道路、水路运输市场监管责任。组织拟订道路、水路运输有关政策、准入制度、技术标准和运营规范并监督实施。指导城乡客运及有关设施规划和管理工作，指导出租车行业管理工作，负责汽车出入境运输、国际和国境河流运输及航道有关管理工作。
（四）负责提出公路、水路固定资产投资规模和方向、国家和省财政性资金安排建议。按省政府规定权限提出省政府规划内和年度计划规模内交通运输固定资产投资项目审查意见。拟订公路、水路有关规费政策并监督实施。
（五）承担公路、水路建设市场监管责任。拟订公路、水路工程建设相关政策、制度和技术标准并监督实施。拟订公路、水路工程质量监督管理政策并监督实施。承担公路、水路有关重点工程建设质量、安全生产监督管理工作。负责港口规划和岸线使用管理工作。
（六）组织实施公路、水路交通重点工程建设。指导公路、水路交通运输基础设施建设、管理和维护。承担有关交通重要设施的管理和维护。组织实施战备公路、水路建设和维护。承担国防动员有关工作。
（七）负责公路、水路行业的安全生产和应急处置工作。依法组织或参与事故调查处理及水上救助打捞工作。按规定组织协调国家和省级重点物资和紧急客货运输。
（八）负责全省公路路网运行监测和协调工作。承担交通运输统计工作，监测分析运行情况，发布有关信息。
（九）指导公路、水路行业环境保护和节能减排工作。负责公路、水路对外合作与外事工作。
（十）负责道路和水路运输行政管理、公路行政管理、航道行政管理、港口行政管理等工作。指导监督全省交通运输行政许可、综合行政执法工作。
（十一）贯彻执行国家铁路建设、民航运输、机场建设的方针政策。负责全省铁路和民航项目规定权限内的前期准备、初步设计报批、建设及运营管理等工作。
（十二）贯彻执行人才队伍建设政策、法律、法规，负责现代交通运输人才队伍建设工作。
（十三）完成省委、省政府交办的其他任务。指导所属事业单位和联系的社会组织的党建工作。
内设机构
（一）办公室。负责机关日常运转工作，承担文电、会务、机要、信息、保密、安全、档案、外事、政务公开、信访维稳等工作。承担机关财务管理、资产管理、联络接待、综合协调、督察督办等工作。
（二）政策研究室。负责研究综合运输发展重大问题。承担省级交通运输体制改革有关工作。指导全省交通运输体制改革、精神文明建设等工作。承担新闻宣传和交通运输行业信用体系建设工作。承担省本级行政许可事项的受理、协调和督办等相关工作。
（三）法制处（行政执法监督处与其合署）。组织起草相关地方性法规和省政府规章草案，承担有关立法规划和协调工作。承担有关规范性文件的合法性审查、行政复议和行政应诉等相关工作。指导监督全省交通运输行政许可、综合行政执法工作，负责重大案件查处和跨区域执法的组织协调工作。
（四）综合规划处。组织编制综合交通运输体系规划，承担有关协调工作。组织起草公路、水路行业发展战略和规划，组织编制有关计划。协调指导综合交通运输枢纽规划，参与拟订物流业发展战略和规划。承担有关规划和建设项目前期立项审查及后期评价工作。提出省有关专项资金投资政策和资金安排建议并监督实施。承担有关交通运输环境保护、节能减排和利用外资工作。承担交通运输统计工作，发布有关信息。承担公路、水路对外合作有关工作。
（五）财务处。拟订行业财务会计规章制度。拟订公路、水路有关规费政策并监督实施。承担财务管理、会计核算、引资、融资、专项资金管理、预决算、政府采购、外汇、信贷等有关工作。指导监督厅直属单位和交通运输系统财务工作和国有资产管理工作。
（六）人事处。承担机关和直属单位的干部人事、机构编制、劳动工资、人才队伍建设等工作。
（七）建设管理处。拟订全省交通基础设施建设相关政策、制度、技术标准并监督实施。承担交通基础设施建设市场管理工作。指导交通基础设施建设和工程质量监督管理工作。参与审查交通重点工程可行性研究报告。承担高速公路、普通国省干线公路和水运工程施工图设计、变更设计和规定权限内初步设计审批。承担交通重点工程和大修工程的建设监督管理、工程招标、施工许可、工程质量监督检查、工程造价和规定权限内竣工验收工作。
（八）公路处。拟订全省公路路政、养护、运营、管理等相关政策、制度、技术标准并监督实施。指导监督全省公路养护管理工作。承担全省国省干线公路行政管理工作。承担全省公路路网运行监测和协调工作。承担规定权限内有关公路路政、公路养护资质等行政许可工作。指导农村公路建设及管理工作。
（九）港口航道处。拟订全省航道养护、航政、港政相关政策、制度、技术标准并监督实施。承担全省航道行政管理及水路基础设施养护管理工作。指导全省港口行政管理工作。承担规定权限内港口、航道等行政许可工作。
（十）运输处。拟订综合运输基本公共服务标准、道路运输和水路运输相关政策、制度、技术标准并监督实施。承担综合运输协调与衔接工作。负责全省道路运输、水路运输行业管理。承担组织协调国家重点物资运输和紧急客货运输工作。指导交通枢纽运营管理。指导城市公共交通、城市轨道交通运营、出租汽车、汽车租赁等工作。按规定负责物流市场有关管理工作。承担汽车出入境运输、国境河流运输工作。承担规定权限内道路、水路运输行政许可工作。承担协调民航运输发展、运营管理及市场监管等工作。
（十一）安全监督处（挂应急办公室牌子）。拟订公路、水路安全生产政策和应急预案并监督实施。指导有关公路、水路行业安全生产和应急体系建设。承担公路、水路运输行业安全生产监督管理具体工作。承担公路、水路重点工程建设安全生产监督管理具体工作。承担公路、水路行业应急组织协调工作。组织或参与有关公路、水路行业安全生产事故调查处理工作。承担公路水运工程施工单位主要负责人和管理人员安全生产知识、管理能力考核工作。
（十二）科技教育处。拟订公路、水路行业科技、教育、信息化、网络安全相关政策、中长期发展规划和年度计划并监督实施。组织有关重大科技项目研究、推广应用。承担开展交通对外科技合作和交流工作。承担有关标准、质量和计量工作。承担涉及综合交通运输体系的标准协调工作。统筹协调网络安全管理工作。承担行业信息化建设和信息资源开发利用管理工作。
（十三）铁路处。承担全省铁路具体项目建设的项目生成、方案研究、相关报批、资金筹措、工程建设、竣工验收等工作。规定权限内初步设计报批。
（十四）民航处。承担全省民航具体项目建设的项目生成、方案研究、相关报批、资金筹措、工程建设、竣工验收等工作。规定权限内初步设计报批。
（十五）交通战备处。组织拟订国防边防公路、水路的中长期发展规划和年度计划。承担战备公路、水路建设和维护组织实施工作。承担公路、水路交通战备物资的储备、调拨等工作。承担军地沟通协调、国防动员等有关工作。
（十六）审计处。组织拟订行业内部审计规章制度和管理办法并监督实施。开展内部审计工作。督促落实审计发现问题的整改工作。指导交通运输行业审计工作。
机关党委。负责机关及直属单位的党群工作。
离退休干部工作处。负责离退休干部工作，与办公室合署办公。
其他事项
省交通运输厅所属事业单位的设置、职责和编制事项另行规定。
本规定具体解释工作由省委机构编制委员会办公室承担，其调整由省委机构编制委员会办公室按规定程序办理。
本规定自2019年4月8日起施行。
现任领导
党组成员、驻厅纪检监察组组长：刘伟康
总规划师：李天星
人员编制
省交通运输厅机关行政编制为74名（含军转干部编制19名），工勤人员编制8名。厅级领导职数：厅长1职、副厅长4职，纪检组长1职，副巡视员1职。处级领导职数：处长15职（含总工程师、安全总监、总规划师、机关党委专职副书记、离退休干部工作处处长各1职），副处长16职。
直属单位
黑龙江省公路事业发展中心
黑龙江省航务事业发展中心
黑龙江省交通运输综合行政执法局
黑龙江省道路运输事业发展中心
黑龙江省公路建设中心
黑龙江省交通运输信息和科学研究中心
黑龙江省公路路网监测中心
黑龙江省公路应急处置中心
黑龙江省高速公路服务中心
黑龙江省公路工程造价站
黑龙江省交通干部学校
中俄国境河流航行联合委员会中方办公室
获得荣誉
2020年10月，被评为全国交通运输系统抗击新冠肺炎疫情先进集体。
2021年5月，交通运输厅综合规划处被黑龙江省委、省人民政府授予“黑龙江省脱贫攻坚先进集体”称号。
2021年6月22日，黑龙江省交通运输厅机关党委党支部、省交通运输厅机关办公室党支部被中共黑龙江省直属机关工作委员会授予“黑龙江省直机关先进基层党组织”称号。