坐落在黑河市，与俄罗斯阿穆尔州隔江相望。2002年被农业部授予“走出去”战略项目试点单位，2004年被农业部评为“国家重点建设地级农科所”，2005年建成国家早熟大豆原原种基地，2007年被定为国家产业技术体系大豆综合试验站，2007年更名为黑龙江省农业科学院黑河分院，2008年被定为国家产业技术体系玉米综合试验站。
建院五十余年来，先后开展了大豆、玉米、水稻、大麦、小麦等新品种选育及耕作栽培、土壤肥料、植物保护、食用菌和引进国外先进农业技术等研究工作。承担完成了国家科技支撑计划、国家“863”计划、农业部“948”项目、科技部成果转化项目、科技部星火计划、省重点科技攻关、省重大成果推广计划、省青年基金、省政府良种化工程、省农科院科技创新和黑河市重点科技攻关等项目300多项。
在多领域的研究中，该院共取得了237项科研成果，获各级成果奖励124项。其中荣获国家发明奖1项，国家科技进步奖2项、农业部科技进步奖2项、全国科技大会奖5项、省长特别奖1项、省政府科技进步奖20多项、省农业科技进步奖20多项、黑河市科技进步奖30多项，推广“黑河号”大豆新品种51个，玉米、大麦、水稻新品种20多个，先进农化产品16个，仅“黑河号”大豆每年推广面积在1000万亩以上，各项成果累计推广面积6.15亿亩，创效益85.5亿元。并与俄罗斯、加拿大、日本、韩国等国家有关大专院校、科研单位进行广泛的科研合作和学术交流。
黑河分院以科技优势为依托，以科技成果转化为平台，认真执行“开放办院、开放办园”的方针，紧紧依靠科技创新优势，加速成果转化，不断加速“黑河号”大豆的科技创新能力，以提供先进适用的科技成果，为全省农业救灾、
农业产业结构调整、农业增效、农民增收做出更大贡献。
全院在职职工88人，其中副高级以上职称21人，中级职称15人，内设大豆育种、玉米育种、麦类育种、水稻育种、土壤肥料、植物保护、检测中心、原种繁育中心等12个部门。