黑龙江省教育科学研究院（简称省教科院）始建于1960年，时称黑龙江省教育科学研究所，“文化大革命”期间被迫撤销。1979年3月重建时设在原哈尔滨师范学院，与教育系合署办公；1980年9月恢复独立建制，编制为30，为省教育厅直属处级单位；1986年3月为省教委副厅级事业单位，同时扩大职能，编制增至50，迁入新建的独立办公大楼；1997年5月经省编委批准，更名为黑龙江省教育科学研究院；2000年8月，建立了中共黑龙江省教育科学研究院委员会。

50多年来，黑龙江省教育科学研究院在省委省政府的亲切关怀下，在教育厅的直接领导下，以服务决策、创新理论和指导实践为己任，系统开展了基础教育、职业与成人教育、高等教育、德育研究及教育发展战略研究，建成了全省教育科研中心、教育期刊情报信息中心和教育科研科普中心，为全省教育改革与发展提供了重要的智力支持。

面向未来，黑龙江省教育科学研究院将立足于教育与经济社会协调发展，在教育发展规划的顶层设计上发挥教育科研的服务作用，将围绕全省教育重大改革项目和试点，实施教育科研牵动计划，为行政决策服务，破解黑龙江省教育改革发展面临的重大理论和实践问题，同时加强自身建设，建立“职责明确、协同创新、科学有序、管理规范”的科研管理体制和运行机制，发扬“团结、求实、创新、奋斗”的院风，努力提高研究水平，加大教育科研成果的转化力度，早日争取成为具有龙江特色、在全国有一定影响的教育科研院所！