黑龙江省水利科学研究院始建于1958年，是以水工建筑物抗冻害及农田水利等相关学科为主的综合性的水利科研机构。全院现有职工177人，在专业技术人员中，教授级高工8人、高级工程师45人。先后有12人享受政府特殊津贴。水工、农田水利和水资源等各类人才齐备，具有承担重大科研项目联合攻关及工程设计、施工的技术优势。2002年通过 ISO9001质量管理体系认证。

黑龙江省水利科学研究院现有固定资产4600余万元， 其中房屋建筑面积3. 4万平方米，科研实验用地43公顷，大中型科研实验仪器和设备200余台（套）。设有6个科研业务部门，6个科技服务部门和5个管理部门；建有国内外闻名的万家冻土观测场；国家抗旱信息中心黑龙江分中心、水利部旱田节水灌溉信息中心黑龙江分中心、节水灌溉增效示范区；黑龙江省节水灌溉试验示范中试基地、省冰雪冻实验室、省研究生培养创新示范基地、哈尔滨综合试验站、宝清中日合作三江试验站。

坚持“科研创新、设计合理、产品适用、检测公正”的质量方针，先后获得国家级奖励7项、省（部）级 43 项。先后正式出版科技著作28部，发表科技论文700余篇。

2017年11月，黑龙江省水利科学研究院获得中央精神文明建设指导委员会授予的“第五届全国文明单位”荣誉称号。

2019年12月，获得“全国水利系统先进集体”荣誉称号。

2021年6月22日，黑龙江省水利科学研究院党委被中共黑龙江省直属机关工作委员会授予“黑龙江省直机关先进基层党组织”称号。