黑龙江省社会科学院历史研究所的前身是原黑龙江省社会哲学研究所的第三室。1979年，在省社会哲学研究所的基础上，黑龙江省社会科学院建院，历史所作为院直属的一个研究所也同时诞生。在上个世纪80年代初的那个“科学的春天”里，历史所发展很快。从原来一个单一的中俄关系史学科，迅速发展成为中俄关系史、东北近现代史、渤海国史、辽金史等几个学科，并相应建立了中俄关系史研究室、渤海国史研究室、东北地方近现代史、辽金史研究室及资料编译室。从建所之始，首任所长刘民声、孟宪章先生，在四处网罗人才的同时，又高瞻远瞩，从1979年开始招收研究生。

建所以来，历史所已造就了一批素质较高，能与国际学术界对话的老中青专家。在东北地方史和中日关系史方向，如李兴盛研究员、辛培林研究员、王希亮研究员、张凤鸣研究员、高晓燕研究员、车霁虹研究员；在渤海国史方向，如魏国忠研究员、郭素美研究员；在中俄关系史方向，如郝建恒研究员、宿丰林研究员、张宗海研究员、李随安研究员。历史所还与日本、俄罗斯、两韩的学术机构和个人建立了比较密切的学术联系；到目前为止，正式出版的学术专著、译著80余部。比较厚重的有：《东北流人史》、《中国流人史》、《黑龙江开发史》、《渤海国历史与文化》、《苦难与斗争十四年》、《抗日英烈传》、《日军暴行录》、《战后50年日本人的战争观》、《伪满基层政权研究》、《细菌战》、《中苏经济贸易史》、《中国东北与俄国（苏联）经济关系》、《远东地区世纪之交的中俄关系》、《中苏文化交流史》等。今年，将推出历史所科研人员与省内外同仁毕20年之功而撰成的160万余字、5卷本的《黑龙江通史》。

历史所现有科研人员、科辅人员共15人。其中正高职6人，副高职5人，中级2人，初级1人。全所人员的学历均在本科以上，其中有硕士学位者6人。目前，历史所有3个省级重点学科，分别是：东北史学科，中俄关系史学科，渤海国史学科。另有一个专门史硕士研究生培养点。