龙渊阁由九州组织所创建，在创建的前期也被称为“九州工作组”。在经过一系列组织扩建后更名为龙渊阁。

历史上曾经有人提到过九州上有九座“龙渊阁”，但真正的“龙渊阁”只有隐藏于无定山中的一座，其余的只不过是部分谣传加部分误解。越州的那座事实上是河络的地下图书馆；在宛州的那座是一个从真“龙渊阁”里流出来的人类修记为了从商人们那里获得金钱而建立的；在云州、雷州和瀚州的“龙渊阁”纯粹是谣传，很难想象那种气候会适合书籍的保存；宁州的那座则是羽人的王宫，里面除了羽人的图画刻本外没有别的文字。不管如何，所有其他被称为“龙渊阁”的存在，其藏书量和大智慧者的数量，都只是无定山“龙渊阁”的沧海一粟罢了。

传说龙渊阁是一个名叫“藏书”的龙创立的，然而传说只是传说，做不得准。即使是在九州藏书第一——龙渊阁浩如烟海的古卷中，也没有任何关于龙渊阁创立过程的只言片语，这也为九州上最古老组织之一蒙上了更加神秘的面纱。有人认为这是由于龙渊阁的早期成员认为创立的过程不能归入任何一种有用的知识，还有人认为远古时代的创立者并没有想到龙渊阁会发展壮大到今天的地步。

“龙渊阁”是出于追求知识的目的而走到一起的组织，它存在的目的就是搜集、整理和创造知识，并将这些知识保存并延续下去。

刚入阁的成员称为“修记”，主要工作是整理和抄录各种古籍。他们也会负责其他一些内部的琐碎事务，如厨房工作、清洁工作等。通常修记的阶段要持续十五至二十年。此后，如果其他人所认可，就能成为“文部”，并拥有自己的研究室。成为文部表示已经至少精通十个以上领域的知识，并能将其正确运用。文部的工作除了进一步吸收之外，就是以下两点：

一、处理各种难题。“龙渊阁”是大地上智慧的中心，虽然普通百姓对这个组织的存在并不了解，但各国各势力各宗教的高层都清楚地知道这一点。在碰到难题的时候，他们有时会求教于“龙渊阁”，当然，这通常也意味着不菲的报酬。不少时候文部必须离开“龙渊阁”很长时间以完成使命。

二、游方，记录大地上的新知识并带回阁内。

通常文部的阶段要持续二十至三十年。此后，当知识达到惊天动地的程度，就能得到“智者”的称号。智者身份的获得必须得到其他智者的认可，这个过程往往伴随着世人无法想象的难题。智者的使命就是将知识融会贯通，创造新的知识。

智者们会推选出一位智者作为“龙渊阁”与外界的代表，这个智者被称为“上座”。上座将负责一些日常行政外交事务。但重大的决策都是智者们共同做出的。智者和上座的称号在知识领域并无区别。

龙渊阁没有正式的徽记，有的成员喜欢将龙渊阁的藏书章作为徽记使用，图章的样式很简单，就是古体的“藏书”两个字。

九州大陆上一个很神秘的机构，通常认为龙渊阁是一个巨型图书馆兼档案库，里面保存着九州创世以来所有的知识和时间记录。龙渊阁的入口很难找到，所以其具体位置也一直是个谜。