龟兹都督府，唐羁縻都督府名。贞观二十二年（648年），唐朝平定龟兹后置，领羁縻州九，龟兹王叶护玷为都督。

府界东接焉耆都督府、南接毗沙都督府、西南邻疏勒都督府，均属安西都护府。贞观二十三年（649年）六月初（7月15日），龟兹王诃黎布失毕还国主政，罢废都督府，恢复龟兹国号，复封诃黎布失毕为龟兹王。显庆三年（658年），安西大都护移置龟兹后，重置都督府。龙朔二年末（662-663年），龟兹叛乱，都督府又废。上元二年（675年），龟兹王白素稽献贡，重置都督府，治伊逻贞城（汉之延城，今皮朗古城），以白素稽为龟兹都督，属安西都护府。贾耽《道里记》载：龟兹都督府境内有姑墨州（今阿克苏市境）、温肃州（今乌什县境）、乌垒州（今轮台县境）、蔚头州（今新疆巴楚县城东北约40公里），各州设刺史。贞元六年（790年）后废。注；安西都护府名称多有变化，详情请进入安西大都护府词条。