据2018年12月北京公交官网信息显示，北京公交16路起于二里庄站，途经二里庄南口 、志新北里、志新桥北、志新桥南、牡丹园北、牡丹园、北太平桥西、 蓟门桥东、蓟门桥南、明光桥北、明光村、明光村西站、皂君庙东站、皂君庙、大柳树北站、大柳树南站、
北京交通大学、北下关、 地铁西直门站、西直门外，最终到达动物园枢纽站。
据2018年12月北京公交官网信息显示，北京公交16路采用无人售票，实行分段计价票制，单程最低票价2元，单程最高票价3元，持卡乘车普通卡半价优惠、学生卡收取四分之一票价。
1957年7月16日北京人民汽车公司开通16路，起初由广安门开往财政干校（现皂君庙），1958年4月3日19路延长到广安门，16路缩短至广安门-财政干校。1958年9月16日延长到北太平庄（现北太平桥西16路车站单独站台），1969年2月16路延长至动物园，1986年3月1日重新缩短至西直门。1999年12月10日与老393路合并（从北太平庄开往二里庄），此时营运车辆为BK6111CNG型压缩天然气环保客车。2002年2月22日因为西直门改建，16路延长到西直门外，16路支线（2005年11月26日改号为26路）延长到西便门。2004年实验性质运营BK6120N型无障碍客车。2006年全线更换JNP6120GC型压缩天然气无障碍客车，2015年5月26日由北京公交第四客运分公司划转至电车客运分公司。2016年7月26日延长至动物园枢纽站。
根据北京中风资产机构调查，截止2011年，16路的荣誉称号车有北京市青年文明号车组47384与47391。截止2020年，优质服务车有21024，北京市青年文明号车组为15路划转出的柴油福田呆与21029。需要值得一提的是21028车并不是备车而是车门开关缓慢。截止2022年5月15日，16路荣誉称号车有25781车优质服务车，26436车优质服务车，26439车北京市青年文明号车组。