1894年5至10月，在香港大流行的鼠疫导致2千人以上丧生，成为香港开埠甚至有记录最多人死亡的瘟疫，香港三分之一的人口逃离香港。香港鼠疫属于第三次鼠疫大流行的疫情。

香港爆发鼠疫后，香港政府在5月底即向各国求援，要求派出相关专家到港协助。日本的微生物学专家，因发现破伤风菌及结核菌而闻名的北里柴三郎于6月底从日本抵达香港进行研究。与此同时，法国籍的阿历山大·叶赫森受巴斯德学院之委托，亦于6月底从越南抵港。二人分别从病死者身上分辨出相信是鼠疫的致病细菌，而且接近同时宣报发现。但两人发现的细菌并不一样，各自称对方的发现有错；之后的一段时间内，到底谁最先发现鼠疫杆菌一直备受争论。后来北里柴三郎的发现被证明有事实错误，因此现时一般以叶赫森为鼠疫病源体的发现人，而这种细菌亦在1967年以叶赫森命名，称之为Yersinia Pestis。

部份港口在1894年香港爆发鼠疫后已采取措施，以防鼠疫传入。然而这些措施最终并未能完全防止鼠疫的扩散。事实上，西方医学在1898年以前对鼠及虱在鼠疫散布所起的作用仍未有充份的了解，最初大部份的防疫措施方法上皆有问题，因而成效不彰。1894年以后，鼠疫在香港几乎每年皆有出现，成为风土病，直至1926年方才完结。当中在1896年在香港的一次爆发死亡人数达1000人。而亦是在同年，鼠疫在台湾及印度孟买爆发，之后亦成为当地的风土病。1899年埃及、南非、夏威夷、美国旧金山及中国东北先后爆发鼠疫，日本亦有案例。1900年在澳洲及俄罗斯爆发，最终传及全球除南极洲外所有大洲，一直至1950年代此次全球大流行方才完结。

香港卫生政策 自十九世纪中叶起，在英、美等国开始兴起国家医疗政策。提高环境卫生及防止疫症，被认为是政府应有的职责之一。在英国统治下的香港，自1870年代起亦有相类似的声音。在鼠疫爆发前的数年，政府内的卫生官员曾多次提出要求，管制包括华人社区在内的卫生环境，限制屋宇必须乎合一定的卫生条件。然而此类提议未被华人社会所接受。而政府仍然沿用管治印度时的模式，尽量避免激发华人的反对：医疗方面，只由东华三院向华人提供中医治疗；卫生方面，各种管制及措施并不包括华人社区。1894年的鼠疫迫使政府改变其所扮演的角式。在这次鼠疫期间，政府虽受华人所反对，仍决定强制执行卫生法令。以后鼠疫再多次爆发，政府在医疗上的功能逐渐确立：包括执行卫生法例，提供卫生洁净服务；发展向华人提供的西医治疗，开展卫生教育等等；皆是以1894年的鼠疫爆发为契机。