M细胞存在于淋巴滤泡上皮之间，与肠上皮细胞紧密排列在一起，形成上皮屏障，并与其口袋中的各种淋巴细胞紧密接触，肠腔中的大部分病原体是由M细胞转运的，表明M细胞的主要功能是摄取并转运抗原（尤其是颗粒性抗原）至其下的免疫细胞。

M细胞(Membranous / microfold cell)扁平细胞，是黏膜免疫系统中一种特化的抗原转运细胞，散布于肠道黏膜上皮细胞间，能将抗原由肠腔转运到上皮下的淋巴组织，从而诱导免疫黏膜免疫应答或免疫耐受。它不表达MHCⅡ类分子，胞质内绒毛体很少，在肠黏膜表面有短小不规则毛刷样微绒毛。它具有高度的非特异性脂酶活性。病原菌等外来抗原性物质可通过对M细胞表面的毛刷状微绒毛的吸附，或经M细胞表面蛋白酶作用后被摄取。

M细胞存在于淋巴滤泡上皮之间，与肠上皮细胞紧密排列在一起，形成上皮屏障，并与其口袋中的各种淋巴细胞紧密接触，肠腔中的大部分病原体是由M细胞转运的，表明M细胞的主要功能是摄取并转运抗原(尤其是颗粒性抗原)至其下的免疫细胞。M细胞转运的物质种类很多，可以是胶乳颗粒、聚交酯微粒、聚苯乙烯、脂质体、阳离子铁蛋白、凝集素等，也可以是微生物如霍乱弧菌、结核菌等。但疏水性颗粒和带正电大分子更易与M细胞而非其他肠上皮细胞黏附，其机制尚不清楚。M细胞转运主要是以内吞方式进行的，而且具有温度依赖性，当温度低于25℃时，转运会受到抑制。

M细胞介导的转运是一种非常高效而且快速的过程，因为在袋行囊腔上的M细胞的细胞质是一层薄薄的伸展层，这一结构特征减少M细胞转运抗原的距离，有利于快速诱导免疫应答的发生，整个M细胞从摄取抗原到分泌到下层的淋巴组织的过程只需不到10 min的时间。M细胞的转运会因暴露的抗原不同而发生改变，如抗原分子的大小、pH、表面结构、疏水性、浓度等¨。大分子物质和细菌能诱导M细胞骨架肌动蛋白的重排和细胞膜的波动来介导M细胞的内吞作用。病毒和其他黏附分子主要是通过网格蛋白包被小泡的内吞作用而被摄入。

M细胞主要作用是摄取并转运腔内的抗原，但是对M细胞是否能加工和提呈抗原仍然存在争议。一些人认为M细胞摄入抗原和跨膜细胞通道导致完整抗原进入到下层的淋巴组织。在溶酶体的数量、酶活性功能上，M细胞比正常肠上皮细胞要低16倍。但是也有研究发现，在鼠的M细胞中有酸性内体一溶酶体隔室的存在，而且在基底膜仍然有MHC-Ⅱ分子的存在。在人和鼠的M细胞中也能检测出APC溶酶体中天冬氨酸蛋白激酶活性，提示M细胞也可能参与抗原的加工和提呈。

M细胞除了具有抗原转运功能外，还可能通过分泌细胞因子来参与T、B细胞的增殖。体外研究发现，从兔的FAE分离的M细胞在脂多糖的刺激下能分泌IL-1来诱导T细胞的增殖。这些结果表明针对某些具有脂多糖的细菌的感染，M细胞具有协助黏膜免疫系统促进黏膜免疫的发生。