三会寺始建于
唐睿宗景云年间（即公元710一711年），至
唐武宗（李炎）会昌时（公元841一846年），三会寺遭火劫荒芜了。
唐宣宗大中年间（公元847一859年）三会寺二度重建，恢复了旧时梵宇琼宫的堂皇面貌。从此以后，三会寺日趋兴盛，至明
洪武二十四年（公元1391年），
三会寺成为仙游四大丛林之一，可惜后来又被一场兵祸烧毁。
明英宗正统七年（公元1442年），和尚云涯师父四处募捐，在原址上三度重建，但规模不象过去那么大。到了清康熙六年（1667年），三会寺开始大规模扩建，至雍正六年（1723年）才告竣工。虽然清末和民国初期间，寺院又几经损坏，但基本上保持了古时的建筑规模和风貌。十九世纪八十年代后，侨僧如贤在海外募资重修，而今三会寺占地14720平方米，规模比任何朝代都更加宏伟。
三会寺的主建筑有天王殿和
大雄宝殿。大雄宝殿极为壮观，面宽七间，深进三间，中心高度达八米多。殿内屋顶为歇山式造形，藻井毗连，上面彩绘着姿态万千的飞天乐伎女。殿中莲台上高坐着新塑的
释迦牟尼和
文殊、
普贤诸佛像。两旁的
十八罗汉，造型奇特，神态不一。
三会寺中文物甚多，如大殿上的木质大鳄鱼，合抱难尽其周围，面上金鳞闪闪，古漆留丹，为清初遗物。食堂前面有
唐宣宗李忱（公元847一859年）时开凿的石质水槽，有
宋徽宗崇宁三年（公元1104年）的石盆，有元
成宗大德年间（公元1297一1307年）由象田院移来的钟木鼓，还有元
成宗大德九年（公元1305年）铸造的铜钟。寺内还存有明代和尚秋此（号超园）著的《影月集》和清代康熙年间诗僧绎斯著的《东林集》等待集。
三会寺寺内有清
康熙十二年（公1673年）翰林学士黄起有撰书的重建敕大中三会寺碑记，
三会寺的沿革可从这碑记中看出。碑记文笔洗炼，书法遒劲，很多人拓为碑帖。
三会寺不但楼阁辉煌，文物众多，而且四周景致也十分幽美。寺后九龙山树木蓁蓁，百鸟争鸣，蜂蝶纷飞。山北麓三会溪上虹桥飞架，车来人往。桥下一弘碧水，清澈透明。寺前，良畴连毗，每逢金秋季节，稻黄蔗绿，渠白陌红，寺院里的晨钟暮鼓，余音袅袅，给这里的山、水、田、寺添上了特有的韵味。
据传，隋初时北士有一位高僧惟胜法师。从润州起程，长途跋涉，遍游八闽。一日来到仙邑廉洁里境内（今大济镇三会村），见此地青山环抱，群峰拱秀，中间坦荡如砥，兰水悠悠流贯中部，其是山清水秀之地，高僧正在兴致勃勃时。忽闻一声霹雳，举头仰望，只见空中霞光闪烁，一团祥云瑞霭伴着悦耳动听的鼓乐徐徐而降，忽而出现一条白龙口衔“白莲”，但瞬间遁得无影无踪，遗下一朵“白莲”。高僧知此乃吉祥之兆，认为这处必定是灵秀圣地，遂决定在此处建造一座大宗林，弘扬佛法，以了却南游夙愿。日月如梭，时逾月余，后见白龙急急忙忙奔来求告高僧，说是：“红、青二龙觊觎白莲宝物已久，今闻吾以此宝遗赠于您，它们怀恨在心，将于明日前来寻衅，未免一场恶斗。那二孽也是长期修炼，法力不差，况且联手来战，吾恐难以取胜，为此恳求法师您助吾一臂之力。”高僧慨然允之。
翌日，高僧依约携带宝器往候。时近晌午，白、红、青三龙果然会战于空中。它们各自施展浑身解数，时而现形，张牙舞爪，猛冲直扑，上冲下俯，左甩右扫；时而隐形，各施暗器，各显神通，吞云吐雾，呼风唤雨，斗得天昏地暗，日月无光。白龙虽勇善战，但难敌红青二龙的前后夹攻。眼见白龙只有招架之功，却无反扑之力。高僧见势不妙，口 中念念有词，并将手中宝器化作白莲，高高擎起，昂首大喝：“红、青二龙听之！白莲在此，你们若不嫌弃，老衲情愿奉送，请来取之，不必再战免伤和气！”二龙信以为真，便撇下白龙，飞奔来夺取白莲。高僧见二龙中计，便将白莲抛出，那白莲腾空而起，忽左忽右，忽上忽下戏耍二龙，弄得二龙晕头转向。料想不到，红龙争先夺得白莲，青龙岂肯罢休，又是一场恶斗，难分难解，绞作一团。白莲即刻化为法钹，牢牢罩住二龙。高僧大喝一声：“二龙不化原形为小山，更待何时！”二龙无奈，只得依钹之形化作一座浑圆小山，状似二龙圆盘沉睡。高僧把此山命名为“龙山”。
后来，惟胜法师在“龙山”前建座大宗林，并以三龙会战之故，取名为“龙山三会寺”。香客络绎不绝，香火旺盛，僧人五百。 一日，惟胜法师在寺中坐禅，发现“龙山三会寺”镇下的白龙已潜盘在龙华，因此又建龙华寺，加造两座宝塔，以镇其龙，但没有镇住。真龙再潜盘在泉州，所以又在泉州建座开元寺，双塔又比龙华双塔大，可是最终还是镇不住，真龙潜沉在海底。