1991年,以录像电影《暴风!迷你巡逻队》开始导演生涯。1995年,三池崇史制作了首部影院原创作品《新宿黑社会》。1996年,拍摄动作犯罪片《
战国极道志》,该片讲述了一个少年为父报仇血刃仇人的故事,被《
时代周刊》评选为当年的十大佳片之一,同时获得波尔图国际电影节的评委会特别奖。
1998年,拍摄动作片《
中国的鸟人》,该片改编自椎名诚的同名冒险小说的一个章节,讲述了日本的小职员“和田”和黑社会分子“氏家”来到中国云南寻访传说的故事。同年,执导青春片《岸和田少年阿飞队·望乡》,该片是温哥华国际电影节参赛作品。此外,三池崇史还与
吴宇森一起被美国《
时代》杂志评为最受期待的10位非英语导演之一。
1999年5月,拍摄“黑社会三部曲”的最后一部——黑帮片《
日本黑社会》,三池崇史借主人公的堕落轨迹展现了东京街头阴暗而迷醉的一面,该片以寻找犯罪的根源为开端,以一个警察与黑帮人物的较量为导火索。10月,执导爱情片《
切肤之爱》,该片改编自
村上龙的小说,获得鹿特丹国际电影节的国际影评人联盟奖和荷兰影评人协会奖。同年,执导动作片《生存还是毁灭·犯罪者》,获得第12届东京国际电影节亚洲之风-亚洲电影奖-特别关注奖。
2001年,执导电影《
拜访者Q》;12月,拍摄动作悬疑片《
杀手阿一》。同年,拍摄恐怖片《
搞鬼小筑》,获得瑞哈尔梅国际奇幻电影节评委会特别奖。2002年,三池崇史翻拍深作欣二的动作犯罪片《
仁义的墓场》,该片以藤田五郎的小说为基础,但思想上则赋予了完全不同的意义。2003年5月,执导动作恐怖片《
极道恐怖大剧场:牛头》,由
加藤雅也主演,该片作为录像电影首次在戛纳国际电影节展出,同时获得西赫斯加泰罗尼亚国际奇幻电影节评委会特别奖。6月,执导动作片《
鬼哭》。
2004年,三池崇史与
武知镇典合作恐怖片《
许愿者》。8月,与武知镇典联手拍摄动作片《
以藏》。2006年11月 ,三池崇史作为唯一一个日本人,与13位恐怖电影师制作拍摄恐怖片《
鬼伎回忆录》,该片由于触犯了比较缓和的有线电视的播放尺度,在北美被禁止放映。2007年,执导改编自
高桥弘漫画作品的动作片《
热血高校》。2008年,执导面向青少年儿童的科幻连续剧《
手机探员7》。
2009年3月,执导改编自同名动画的动作喜剧片《
小双侠》,该片讲述了维护正义的小双侠和坏人海盗三人组之间的故事。4月,执导改编《
热血高校》续作《
热血高校2》。2010年,三池崇史执导战争历史片《
十三刺客》,该片入围了鹿特丹电影节,三池崇史获得第5届亚洲大奖导演奖提名。2011年,执导动作历史片《
一命》,该片改编自泷口康彦的小说《异闻浪人记》,讲述了一名贫穷的武士如何走上切腹之路的故事,是历史上首部进入三大电影节(戛纳、威尼斯、柏林)主竞赛单元的3D真人电影。
2012年2月,拍摄根据游戏改编的悬疑片《
逆转裁判》。6月,执导根据
梶原一骑和
永安巧联合创作的同名漫画改编的爱情犯罪片《
爱与诚》,该片入围第65届法国戛纳国际电影节。10月,翻拍同名小说改编的犯罪惊悚片《
恶之教典》。
2014年,拍摄改编自漫画家高桥生同名漫画的真人警匪片《
鼹鼠之歌》。拍摄取材自江户时代民间传说创作的歌舞伎名剧《东海道四谷怪谈》的恐怖片《
喰女》,该片讲述被丈夫抛弃并杀害的苦命女子阿岩化作怨灵复仇的故事。同年,执导根据金城宗幸原作、藤村绯二绘制的同名漫画改编的惊悚片《
诚如神之所说》,获得第九届罗马国际电影节特别贡献奖。
2018年,执导改编自作家
东野圭吾同名小说的电影《
拉普拉斯的魔女》。执导首部华语电影《
不良人的游戏》,秋冬开机。2019年4月,执导的电影《First Love》入围
第72届戛纳国际电影节导演双周单元。
三池崇史以黑帮暴力片著称,他的暴力语言借助于镜头直观宣泄,暴力影像以赤裸裸的伤口舐触你的神经,近乎迷恋般的描述鲜血狂飙时的快感,并带有一种莫名的崇拜。而三池崇史绘声绘色的描绘疼痛的感觉,也有意过度的渲染喷血来淡弱写实的成分,在cult血腥中显示出黑色幽默。他这种风格后来又延续到《杀手阿一》中。 在影片中,三池崇史不仅以黑色的线条勾勒出血腥的轮廓,还为影片添加了暖昧的粉色调。他从来不回避尴尬的话题,并同样施展黑色的笔触(新华网评)。
铺天盖地的日式cult片和粉红新浪潮,无疑成了三池崇史挑战传统大银幕的最佳武器。他天马行空的想象力,在各类异色影像的诱导下愈发显现出优势。由最初他在黑帮片中出现叛道离经的另类创举,一直到他后来放弃帮派片转战纯粹的cult片。而他的镜头语言,却一直在大众观众的承受力之内。或者说他的贡献在于,他把冢本晋也尖锐的cult理念和濑濑敬久等人的粉红影像化繁为简,以更形象更通俗的镜头带给普通观众。三池崇史对血液和杀戮的兴趣,曾以几种完全不同的风格形式展现。他既延承了冢本晋也那种把肉体视为金属电路管材质的美学理念,也融合过
北村龙平拉扯内脏器官的无疼感和黑色幽默,同时还借鉴了
熊切和嘉对暴力写实派的描述(金羊网评)。