上海交通大学环境科学与工程学院，二十世纪七十年代末，国内环境问题日益显现。为夯实学校在环境领域教学研究的基础，并在环境领域形成特色，九十年代学校又成立了“上海交通大学能源与环境研究中心”。百年校庆，在江泽民总书记“继往开来，勇攀高峰，把交通大学建设成
世界一流大学”指示的鼓舞下、在多年成果积累的基础上，环境科学与工程被我校确定为优先发展的重点学科。1999年“上海交通大学环境科学与工程学院”隆重成立，并被学校列入985 一期工程建设计划，大大增强了我校发展环境学科的实力。
进入新世纪，环境科学与工程学院以人为本、以建设世界一流水平的学院目标、以学科建设为突破口，在世界范围内广纳贤才共济大业。我院现已拥有环境科学与工程一级学科博士学位授予权、环境工程博士学位授予权、环境科学硕士学位授予权、环境工程硕士学位授予权和环境工程工程硕士学位授予权；
学院现有专任教师69人，其中正高26名，副高24名，拥有包括杰青4人、优青2人、国家“百千万人才工程”入选者1人、国家青年特聘专家3人、全球高被引科学家3人、教育部新世纪人才7人等在内的一批优秀师资。
环境科学与工程学院有在读博士研究生109人、硕士研究生109人、工程硕士研究生33人、本科生214人；学每年将招收
环境科学与工程专业方向的本科生两个班（约50～60人）。为使学科建设能有良好的硬件设施支撑，作为我院985计划一期重点建设项目的5800M2 环境科学楼已投入使用，并有近二千万元资金用于学科建设购置教学、科研仪器设备。
学院在数年发展的基础上，经整合、凝炼，确定如下主干研究方向： 水体污染控制与修复；大气污染控制与治理；固体废弃物处置与资源化；环境化学与毒理学；环境监测、评价与管理学；环境功能材料与现代环保装备。
学院在发展自己重点优势学科的同时，密切关注本领域的学术动向，注重吸收国际先进理论与技术，多方位开展国际交往，已经与美国、日本、德国、丹麦、比利时、以色列、新加坡、韩国、泰国等国家进行学术交流或互派研究人员；与日本国立环境研究所、 美国佛罗里达州立大学签订共同合作研究协定；与
日本筑波大学共同召开了专题研讨会，并参加了环境工程中日大学群研究计划。学院将进一步扩大国际合作的深度与广度，借鉴国内外的成功经验，坚持与国际名校、名所（实验室）、名企合作，坚持走国际化办学的道路，最终实现建设世界一流环境学院的目标。