复旦大学附属儿科医院位于
上海市万源路399号、
医学院路130号，占地面积153亩，建筑面积10万平方米，始建于1952年，是一所集医疗、教学、科研、预防为一体的儿童医院，是上海市医保定点单位。
医院开放床位689张，配备30mA美国（匹克）
X线机、常规摄片机、400mA国产X线机、原东德D-350 X线机、原东德D-1500mA正
侧位双向
心血管造影X线机、心血管造影X线机、
东芝2000mA双向
轴位X线造影机、东芝500mA遥控透视
点片装置、日本
岛津X线机、GE螺旋CT机、64排GE VCT机、Siemens Avanto 1.5T MR机、
全自动生化仪(
日立7180型)、特定蛋白
分析仪、罗氏
免疫发光分析仪、时间分辨
免疫分析仪、
全自动血气分析仪(丹麦雷度公司ABL715型)、
全自动电泳仪(法国西比亚公司)、
微量元素分析仪、
尿沉渣分析仪（日本sysmex公司UF-100i）、
糖化血红蛋白仪（美国BIO-
RAD公司D-10型）、全自动血栓与止血分析仪（法国stago公司）、
血栓弹力图检测仪、
全自动血细胞分析仪(日本sysmex公司产XS-800i型)、
拜耳公司产（泰利特500型）
尿液分析仪、
血沉分析仪等等
医疗设备。
1952年4月17日，经华东军政委卫生部批准，由西门妇孺医院分院、中国红十字会第一医院和中山医院儿科合并建成上海第一医学院儿科学院，并于1955年6月1日更名为上海第一医学院附属儿科医院，后随上海第一医学院更名而更名为上海医科大学附属儿科医院。当初以位于
肇嘉浜路西门妇孺医院分院（
妇产科医院）为院址，首任院长
陈翠贞教授。1953年在
枫林桥新建一所崭新的儿科医院，并于1954年7月迁入使用。
2022年7月7日起，
复旦大学附属儿科医院开设夜门诊，复旦儿科开设夜门诊的科室有：
普外科、普内科、血液科、
神经内科、风湿科、
泌尿外科、中医科、心理科、
心内科、内分泌遗传代谢科，夜门诊挂号时间为16:30——20:30。
2023年5月30日，
上海永达公益基金会向复旦大学附属儿科医院捐赠600万元，发起“川崎病”儿童医疗救助项目。
2024年4月10日，复旦大学附属儿科医院新生儿诊疗中心正式启用，除为各类新生患儿提供一站式诊疗服务外，还将聚焦于新生儿重大疾病、专病、危重复杂疾病的诊治与研究。
医院设有儿内科（新生儿、呼吸、消化、血液、肾脏
风湿、神经、内分泌、免疫、遗传等）、儿
外科（普外、泌尿、骨科、新生儿外科、
肿瘤、
神经外科）、心血管中心、感染传染科、
重症医学科、
麻醉科、
中医科、
眼科、
耳鼻咽喉头颈外科、皮肤科、口腔科、
儿保科和康复科等45个
临床专业医技科室。其中新生儿、重症医学科、小儿消化科、中医
儿科、新生儿疾病
重点实验室、
小儿外科、临床护理、新生儿、外科、心血管、传染病等是国家重点临床科室。
2020年9月8日，该集体获得中共中央、国务院、中央军委授予的“
全国抗击新冠肺炎疫情先进集体”的
荣誉称号。