上海市农业科学院（Shanghai Academy of Agricultural Sciences）建于1960年，是上海市属的综合性农业科研机构。
历史沿革
1959年7月，上海市农业试验站、上海市畜牧兽医试验站、上海市乳牛科学研究所和上海市农业机械化研究所合并，建立上海市农业科学研究所。
1960年5月，扩建为上海市农业科学院。
2001年11月，获批设立博士后科研工作站。
2005年8月，农科院与上海海洋大学（原上海水产大学）组建上海水产大学农业研究院，次年开始招生硕士研究生。
2012年5月，农科院与上海交通大学合作建立“上海交通大学农科教合作人才培养基地”揭牌。
科研条件
人员编制
截至2014年，农科院共有在职职工836名，其中专业技术人员592名，国家及地方领军人才16名，高级专业技术职务科技人员240名（研究员103名），硕、博士453名（博士197名），享受国务院特殊津贴专家71名。
科研部门
截至2014年，农科院下设上海市农业科学院作物育种栽培研究所、上海市农业科学院林木果树研究所、上海市农业科学院设施园艺研究所、
上海市农业科学院食用菌研究所、
上海市农业科学院畜牧兽医研究所、
上海市农业科学院生态环境保护研究所、
上海市农业科学院农业科技信息研究所（数字农业工程与技术研究中心）、上海市农业科学院生物技术研究所、
上海市农业科学院农产品质量标准与检测技术研究所、
上海市农业生物基因中心等10个研究机构， 1个综合服务中心和1个综合试验站。拥有17个国家级和部级科技创新平台和成果转化平台，8个市级科技平台。
国家级和部级科技创新平台和成果转化平台：农业部转基因植物环境安全监督检验测试中心（上海）、中国微生物菌种保藏管理委员会农业微生物中心上海食用菌分中心、农业部食用菌产品质量监督检验测试中心（上海）、家蔬菜改良（上海）分中心、国家双低油菜原原种扩繁基地、农业部植物新品种测试（上海）分中心等。
市级科技平台：上海市食用菌工程技术研究中心、上海市农业高新技术孵化园、上海市农业遗传育种重点实验室、上海市设施园艺技术重点实验室、上海市农业环境质量检测站等。
学术资源
上海市农业科学院图书馆创办于1959年，前身为“上海农业科学研究所资料室”，1960年改名“上海市农业科学院资料室”，70年代升格为图书馆。1992年12月，出版“中文期刊馆藏目录”；2000年，建设“馆藏期刊数据库”。
截至2014年，馆藏各类中外书刊30余万册。上海图书馆在农科院图书馆建立“通还点”，挂牌为“上海中心图书馆农科院分馆”。
科研成就
科研成果
据2018年1月研究所官网资料显示，农科院取得各类科技成果1340余项，获部、市级以上科技奖励成果349项，其中，国家级科技奖励23项，部、市级科技进步一等奖28项；获得专利和植物新品种权、通过审（认）定品种670余件，其中通过国家审（认）定品种45件;发表论文4770篇，出版专著和编著220余部。
学术刊物
农科院编辑出版了《上海农业学报》、《食用菌学报》和《食用菌》等7种学术类、技术类刊物。
《上海农业科技》
《上海农业科技》创刊于1971年，双月刊，双月5号发行。
期刊上海市农业委员会主管，上海市农学会、上海市农业科学院主办，上海市农业科学院农业科技信息研究所承办，国内外公开发行的综合性、以应用技术为主的农业科技期刊。
期刊为国内外公开发行的农业科技期刊，已被《中国学术期刊（光盘版）》、《中文科技期刊数据库》、《万方数据－数字化期刊群》三大数据库纳入收录。
《上海农业学报》
《上海农业学报》是上海市农业科学院和上海市农学会主办的学术期刊（季刊、公开发行），1985年创刊，主要刊载农业各学科偏重应用或与应用联系较紧密的未曾发表过的学术论文、研究报告、科研简报以及专题综述。
《上海农业学报》是全国中文核心期刊、中国科技核心期刊和中国农业核心期刊。是国家科技部中国科技信息研究所的中国科技论文统计源刊和科技部西南科技文献信息中心的中文文献源刊，被中国科学技术信息研究所万方数据资源系统（ChinaInfo）数字化期刊群、科技部西南信息中心维普信息资源系统及北京清华大学《中国学术期刊（光盘版）》全文收录。
据中国学术期刊（光盘版）电子杂志社文献检索分析中心《中国学术期刊综合引证年度报告（2007）》，《上海农业学报》的影响因子为0.572，他引率0.91，被引半衰期5.7。《上海农业学报》也是联合国粮农组织农业科技文献中心(AGRIS)和国际农业与生物学中心（CABI）文献源刊。约68%论文题目被《Agrindex》选录，约80%论文摘要被《CABI》选录，还有一部分被《SCI》选录。
《上海蔬菜》
《上海蔬菜》（双月刊）是上海蔬菜经济研究会和上海市农业科学院共同主办的科技专业性期刊，创刊于1987年1月 ，双月15日国内外公开发行。
期刊为“中国学术期刊（光盘版）”全文收录期刊、《中文科技期刊数据库》收录期刊、《万方数据—数字化期刊群》收录期刊，全国农业领域职称评定认定期刊。
《食用菌》
《食用菌》创刊于1979年，双月刊，单月23号发行，由上海农科院主办，是一份以应用技术为主的专业性技术期刊。
期刊为全国中文类核心期刊、“中国期刊网”、“中国学术期刊（光盘版）”全文收录期刊“中国学术期刊综合评价数据库”来源期刊；《中文科技期刊数据库》收录期刊；《万方数据—数字化期刊群》收录期刊。
《食用菌》杂志被收录进《中国知识资源总库.科技精品库》（8000份期刊遴选出500份期刊之一）。
人才培养
2001年11月，农科院博士后科研工作站获批成立，截至2017年培养博士后30人。
2005年8月，农科院与上海海洋大学（原上海水产大学）组建上海水产大学农业研究院，首批聘任17名兼职教师，于2006年开始招生硕士研究生。截至2013年，共招收硕士研究生7届128人，毕业学生5届共61人，在院实习的2011、2012级学生49名。
2012年，农科院与上海交通大学合作建立“上海交通大学农科教合作人才培养基地”，与南京农业大学、华中农业大学、扬州大学等高校也建有长期合作培养研究生关系。
文化传统
农科院院徽主体由三片花瓣及其根茎组成。
三片花瓣为红色、蓝色、绿色，分别代表热情、科技、农业。
根茎为变形的S，为“SHANGHAI”首字母，象征着农科院扎根于地方，“S”与右侧的“AAS”组成了农科院的英文简称“SAAS”。
现任领导
党委副书记：刘红
副院长、党委委员：赵志辉
纪委书记：姚训
副院长：沈晓晖、史明
所获荣誉
2011年12月，获得中央精神文明建设指导委员会授予的“第三批全国文明单位”荣誉称号。
2022年3月，被命名为2021-2025年度第一批全国科普教育基地。