遗传育种研究室、药用真菌研究室、检测中心以及上海丰科生物股份有限公司、上海百信食药用菌科贸有限公司、食用菌菌种实验厂等经济实体。为中国农业微生物保藏中心食用菌分中心、
农业部食用菌产品质量监督检验测试中心、上海市农业遗传育种重点实验室微生物分室技术依托单位。
研究所主要从事遗传育种、栽培工艺、食用菌的加工、药用菌开发、菌种保藏和利用、病虫害防治、信息资源等领域的研究。承担过国家和部市级研究课题100余项，获国家级科技进步奖和发明奖4项，部市级科技成果奖20余项，部分领域居国内领先和国际先进水平。选育出一大批香菇、
双孢蘑菇、猴头等食用和药用菌优良菌株，推广了多项技术，开发出
猴菇菌片、云芝多糖、康灵片等多项产品，取得了极大的社会效益和经济效益。
研究所与20多个国家建立了学术交流或技术合作关系；为全国培养了万名专业技术人才，并承担了科技部和农业部国际培训任务。主持编写了《中国食用菌志》等20多部专著，发表论文600余篇。上海市农业科学院食用菌研究所以其在食用菌产业技术领域的研究、开发和设计的综合优势，为我国食用菌产业的发展起到了重要的作用。