临安人退出矿区，将其积恨转移于一般回族民众。二月，临安人尽屠南安、楚雄、三井、武定、广通、禄丰等处回民，并扬言要进省屠杀由
楚雄逃至
昆明的回民。于是，滇东南的新兴（今
玉溪）、
昆阳、
澄江等地回民风鹤频惊，一如道光年间
永昌的回民，人皆自危。
有新兴武举马凌汉，“恨临人之强横”，“怒官吏之不为保护”，便挺身而出，于四月初九日率众从海口到达昆明，驻
顺城街清真寺内，意在堵御临安人，保护省城回民。省府不察，派昆明县王某、邑绅黄琮等出城弹压，令其解散。凌汉历诉回民受害情形，请求申雪，官府漠然视之，对临安人反行袒护。凌汉愤极大骂，官府对城内回民益加疑惧。
时藩司青盛，素歧视回民。黄琮奉旨团练，私意亦在制回。今见马凌汉此举，遂起剪除回民之心。碰巧马凌汉在城外打了一次胜仗，有省城陕西回族武举妥福、妥寿前去慰劳。官绅对省城回民疑忌更甚，藉此诬告妥氏“造无门之锁，阴谋作乱”，胁迫巡抚舒兴阿密饬各府厅州县灭回。
初十日，舒兴阿召集临安人和各乡团练绅士入城，听号令。十六日，青盛自上院出，当众紧急宣布：“凡遇回人，格杀勿论。”以黄琮为首的团练和临安恶霸，分头搜杀，“不论良莠男女老幼悉殄灭之”①。历时3 日，杀犹未已。十九日，青盛母亲外出，道经沙腊巷口，见被杀的回族妇女剖腹街头，卧于血泊之中，胎儿还蠕蠕转动，非常愤慨，回去责骂青盛说：“男子作事与妇人何涉，乃惨毒至此也！”①因此，杀稍止。然回民仅剩余数十人，押禁在臬署中。妇女投水未死者，则囚禁于报国寺、荩忠寺。临安人见有姿色者，则割襟为记，然后抢劫而去，当时人称这种做法为“割襟”。
云南地方最高当局在屠杀省城回民的同时，又传令各府厅州县“聚众杀回，须横直剿灭八百里”。各地官绅、团练便打着“奉宪灭回”的牌子，掀起“灭回”的恶潮。临安、昭通、腾冲、元谋、武定、元江、鹤庆、丽江、剑川等地回民先后罹难。各地回民得不到保护，只得奋起反抗以自卫。一场回民抗暴自卫的风暴席卷全滇。马敏功、马如龙、
马德新起于临安；马二花、马连升起于东川、曲靖；马凌汉、杨振鹏起于昆阳、海口；徐元吉起于澄江；田余庆起于河西；马荣起于寻甸。于是，三迤糜烂，滇局不堪收拾。