东南大学工会委员会（原名南京工学院工会委员会）成立于1953年，已有60多年的历史。

1984年，学校召开首届教职工代表大会。

2000年4月，原东南大学、南京铁道医学院、南京交通高等专科学校合并，南京地质学校并入。

2022年9月28日至29日，东南大学第十六届工会会员代表大会召开；大会闭幕后，召开了第十六届工会委员会第一次全体会议，选举产生第十六届工会委员会主席、副主席；东南大学第十六届工会委员会主席为李鑫，副主席为李成明、陆娟，副主席（兼职）为杨毅、曹玖新，工会委员会委员还有王荣、王少康、王亚青、司丽芳、刘建利、许峰、李敏俐、李蓉蓉、李黎藜、肖媛、时斌、张翠英、陈坚、陈金喜、武秋立、顾晓洁、徐伟炜、徐淑宏。

2022年8月，中共东南大学委员会决定：免去陆海同志校工会副主席（保留正处级待遇）职务，保留原级别待遇至退休；免去张赛娟同志校工会副主席职务，保留原级别待遇至退休；上述职务任免时间从2022年8月3日起算。

2018年7月，中共东南大学委员会决定，江苏省教育科技工会批复同意：李鑫同志任东南大学工会委员会委员和工会执行委员会委员，担任工会主席职务；免去华为国同志工会主席职务；上述职务任免时间从2018年6月22日起算。

2016年12月22日至23日，东南大学召开了第八届教职工代表大会暨第十五届工会会员代表大会，选举产生了由29名委员组成的东南大学第十五届工会委员会；会后，东南大学第十五届工会委员会召开第一次全体会议，选举产生了第十五届工会委员会主席和副主席；华为国同志当选为校工会主席，陆海同志当选为校工会副主席、张赛娟同志当选为校工会副主席（女）。

东南大学工会是校教代会、校“专业技术职务申诉审议委员会”和“岗位聘用与考核申诉委员会”的工作机构，下设经费审查委员会、女教职工委员会、宣传教育委员会、文化体育委员会、福利工作委员会和青年工作委员会。

校教代会下设校务民主监督与管理委员会和提案工作委员会，教代会执行委员会为大会闭会期间履行教代会职权的常设机构。

在长期的工作实践中，东南大学工会、教代会坚持学校党委的领导，在上级工会的指导下，在学校行政和广大教职工的支持下，坚持以中国特色社会主义理论体系为指导，认真贯彻落实习近平新时代中国特色社会主义思想，围绕学校中心工作，服务学校发展大局，全面履行教代会职权和工会各项职能，依法维护教职工合法权益，积极参与学校民主管理和民主监督，较好地发挥了党联系教职工群众的桥梁和纽带作用，为学校的改革、发展和稳定做出了一定的贡献，得到学校领导和上级工会组织的肯定，受到广大教职工的信赖。

曾被全国教育工会授予“教育工会先进集体”荣誉称号。

多次获得江苏省教育（科技）工会授予的“高校工会工作先进集体”、“高校工会财务工作先进集体”和“高校工会女工工作先进集体”等荣誉称号。

获得省总工会授予的“江苏省劳动模范管理工作先进集体”、“江苏省工会女工工作先进集体”和“江苏省工会财务工作先进集体”等称号。

2007年，获江苏省教科系统“模范职工之家”称号。

2008年，获江苏省“模范职工之家”称号。

2011年，获全国“模范职工之家”称号。

2017年，获“全国厂务公开民主管理先进单位”称号。

2018年，获江苏省教科系统“五星级”教工之家称号。