中国农业科学院农业资源与农业区划研究所于2003年5月由中国农业科学院土壤肥料研究所（成立于1957年8月）与农业自然资源和农业区划研究所（成立于1979年2月）整合组建而成。

1957年8月，华北农业科学研究所农化系土壤肥料研究室和土壤耕作研究室成立。

1970年11月，在华北农业科学研究所农化系土壤肥料研究室和土壤耕作研究室基础上组建中国农业科学院土壤肥料研究所。

1971年3月，中国农业科学院土壤肥料研究所与山东德州地区农科所合并更名山东省德州地区农科所。

1973年春，山东省德州地区农科所更名山东省土壤肥料研究所。

1978年5月，山东省土壤肥料研究所更名中国农业科学院土壤肥料研究所。

1979年11月，中国农业科学院土壤肥料研究所更名中国农业科学院土壤肥料研究所。

1979年3月，中国农业科学院农业自然资源和农业区划研究所在北京成立。

2003年5月，中国农业科学院土壤肥料研究所与农业自然资源和农业区划研究所整合组建中国农业科学院农业资源与农业区划研究所。

截至2015年3月底，中国农业科学院农业资源与农业区划研究所有在职职工301人，其中：国家“特支计划”人才1人，“新世纪百千万人才工程”国家级人选3 人，国家杰出青年基金获得者1人，国家级重大科技项目科学家6人，中国科学院“百人计划”人才2人，农业部有突出贡献中青年专家7人，农业部农业科研杰出人才及其创新团队3 个，农业部神农计划人选2人，院青年英才计划人才5人。院创新团队首席科学家及团队14个，高级职称研究人员162人（研究员70人，副研92人），研究生导师105人。

“新世纪百千万人才工程”国家级人选：易可可、李召良、周卫

国家杰出青年基金获得者：李召良

中国科学院“百人计划”人才：李召良、张斌

农业部“神农计划”人选：唐华俊、刘小秧

截至2015年3月底，中国农业科学院农业资源与农业区划研究所下设25个机构，有国家工程实验室1个，部级重点实验室5个，院级重点实验室3个，野外台站9个，试验协作网3个，菌种保藏库1个，肥料质检中心2个，卫星地面接收站1个。

国家工程实验室：耕地培育技术国家工程实验室

部级重点实验室：农业部农业微生物资源收集与保藏重点实验室、农业部面源污染控制重点实验室、农业部植物营养与肥料重点实验室、农业部农业信息技术重点实验室、农业部资源遥感与数字农业重点开放实验室

农业部农产品质量安全风险评估实验室：农业部微生物产品质量安全风险评估实验室（北京）

院级重点开放实验室：中国农业科学院植物营养与养分循环重点开放实验室、中国农业科学院资源遥感与数字农业重点开放实验室、中国农业科学院土壤质量重点开放实验室

野外台站：

菌种保藏库：中国农业微生物菌种保藏管理中心

截至2015年3月底，中国农业科学院农业资源与农业区划研究所与欧盟联合研究中心、日本东京大学等32个国际一流大学和研究机构签订了合作协议，建立了稳定的合作领域和交流机制；建有中美可持续农业生态系统研究联合实验室，中国农业科学院-国际植物营养研究所植物营养创新研究联合实验室和中美区域农业发展合作研究中心等机构。

截至2015年3月底，中国农业科学院农业资源与农业区划研究所在湖南祁阳、山东德州、内蒙古呼伦贝尔、河北迁西、北京昌平和密云、河南洛阳、河北廊坊、江西进贤和广东江门建有11个试验基地，在河北平泉建有国家食用菌改良中心，建有试验协作网3个。

截至2014年2月，中国农业科学院农业资源与农业区划研究所公共实验室面向所内外科研人员开放，为科研和教学提供测试分析技术服务，有仪器设备近30台套。下设6个公共实验平台：无机分析平台、生化分析平台、色谱分析平台、光谱分析平台、质谱分析平台、固体核磁共振分析平台。

截至2014年2月，中国农业科学院农业资源与农业区划研究所有全国农业资源与区划报告、数据、图集齐全、信息量最大的资料库，库藏资料3万余册，建有文献数据系统，管理各类档案6000余卷。

截至2015年3月底，“十一五”以来，中国农业科学院农业资源与农业区划研究所共获得各类科技奖励63项,其中国家科技进步奖2项，国家发明奖1项，省部级奖51项，院优秀成果奖9项。

截至2015年3月底，“十一五”以来，中国农业科学院农业资源与农业区划研究所出版专著119部,发表论文2307篇（其中SCI/EI论文590篇）。获批准专利192项,软件著作权182项；制定国家和行业标准84项（2009年以来）。

2014年，中国农业科学院农业资源与农业区划研究所国家主体科研计划经费达1亿多元。

《植物营养与肥料学报》是中国植物营养与肥料学会主办的专业性学术期刊，1994年9月创刊，1999年正式发行，2003年进入国家科技部“中国科技论文统计源期刊”，为中国科技核心期刊、中文核心期刊、中国农业核心期刊，并获得2007年“中国百种杰出学术期刊”、“2008年度中国精品科技期刊”、“2011年度中国精品科技期刊”等荣誉称号。

期刊被“中国期刊全文数据库”、“中国学术期刊综合评价数据库”、 “万方数据库——数字化期刊群”、“CEPS中文电子期刊资料库”、 “中国生物学文献数据库”、 “中国农业科技文献数据库”、“中国生物学文摘”、“中国农业资源环境文摘”、“中文科技期刊数据库（全文版）”、“维普资讯—中文科技期刊数据库”、美国《化学文摘》（CA）、英国国际农业与生物中心（CABI）文摘数据库、日本《 科学技术文献速报》（CBST）、联合国粮农组织(FAO)数据库AGRIS等收录。

《中国土壤与肥料》是农业部主管、中国农业科学院农业资源与农业区划研究所和中国植物营养与肥料学会主办的全国性专业科技期刊。1964年创刊，原名《耕作与肥料》，先后更名为《土肥与科学种田选编》、《土壤与科学种田》、《土壤肥料》，2006年第3期更名为《中国土壤与肥料》。

《中国土壤与肥料》是中文核心期刊、中国科技核心期刊、中国农业核心期刊。被中国科技论文与引文数据库（CSTPCD）、中国科学引文数据库（CSCD）、中国农业科技文献数据库、中国期刊全文数据库、中国学术期刊综合评价数据库、万方数据库—数字化期刊群、维普资讯—中文科技期刊数据库、CEPS中文电子期刊资料库、中国农业资源环境文摘、CA化学文摘（美）CBST科学技术文献速报（日）等收录。中国科技信息研究所《中国科技期刊引证报告（核心版）》（2012年）统计影响因子为0.771；清华同方《中国学术科技期刊影响因子年报（自然科学与工程技术）》（2012年）统计复合影响因子为1.423。

《中国农业资源与区划》杂志是中国农业科学院农业资源与农业区划研究所、全国农业资源区划办公室、中国农业资源与农业区划学会联合主办的指导性与学术性相结合的综合性刊物。

《中国农业资源与区划》被中国国内多家权威检索系统和数据库收录，包括：《中国科学引文数据库》（核心期刊）、《中国期刊方阵》（双效期刊）、《中文核心期刊》、《中国科技核心期刊》、《中国科技论文与引文数据库》、《万方数据库》、《中国期刊全文数据库》、《中国学术期刊全文数据库》等。曾荣获第三届全国优秀农业期刊二等奖。

中国科学技术信息研究所、万方数据股份有限公司 2009年10月版<中国期刊高被引指数>中《中国农业资源与区划》2008年的影响因子为0.786，《中国期刊引证报告（扩刊版）》中本刊2008年影响因子为0.901。中国科学技术信息研究所2009年11月版《中国科技期刊引证报告（核心版）》本刊2008年的影响因子为0.602，在所有农业工程类期刊总排名第4。

《中国农业信息》杂志（半月刊）由农业部主管，中国农学会农业信息分会、中国农业科学院农业资源与农业区划研究所共同主办，是中国全方位登载国内外农业产前、产中、产后信息，面向国内外公开发行的国家级期刊，旨在沟通农业信息，预测市场动向，服务科教兴农，指导农业生产，促进经济发展。

《农业科研经济管理》（季刊）是一本以农业科研单位、农业院校、农业政策、咨询部门的管理、科研、开发等人员为主要读者对象的综合性专业刊物。

截至2015年3月底，中国农业科学院农业资源与农业区划研究所设有1个博士后流动站，有6个一级学科博士点，9个一级学科硕士授予点。

博士后流动站：农业资源利用

根据2016年1月研究所官网显示，中国农业科学院农业资源与农业区划研究所有在读研究生150人（其中博士生62人、硕士生88人），博士后流动站24人。

2015年度，研究所艾超获得中国农业科学院研究生院优秀博士学位论文，夏浪、赵芬、盖霞普3位获得优秀硕士学位论文。

中国农业科学院农业资源与农业区划研究所所徽如右图所示：

所徽说明：

圆环：代表团结、和谐。

地球：代表研究所服务方向，全球资源和地域分异；代表脚踏祖国，面向世界。

地球上亮点：代表创新发展。

所训：德诚为人 勤谨为业

所精神：团结、奉献、求实、创新

2021年9月26日，被认定为“2021年度农业农村信息化示范基地”。