中国农业科学院果树研究所始建于1958年3月，是中国最早建立的专门从事果树科学研究的综合性国家级科研机构。

中国农业科学院果树研究所始建于1958年3月，其前身为东北农业科学研究所兴城园艺试验场和华北农业科学研究所园艺系果树室。

1970年下放陕西省眉县，与陕西省果树研究所合并。

1978年8月，从陕西省眉县迁回辽宁省兴城县。

1981年，创建国家果树种质兴城梨、苹果圃。

2003年，国家科技部批准，依托中国农业科学院果树研究所组建国家苹果育种中心。

2007年，中国农业科学院兴城农村实用技术培训中心成立。

2008年，获批建设农业部园艺作物种质资源利用重点实验室。

2009年7月，葫芦岛市少数民族培训基地在果树研究所举行揭牌仪式。

2010年12月，果树所召开青年工作委员会成立大会。

2012年7月，中国农业科学院果树研究所和意大利巴里大学建立“中—意果树科学联合实验室”。

据2017年11月研究所官网显示，研究所拥有国家级平台3个、农业部重点实验室2个、农业部质量监督检验测试中心1个、农业部野外台站1个、中国农业科学院重点开放实验室1个、中国农业科学院工程技术中心1个、中国农业科学院野外台站1个、中国农业科学院培训中心1个，研究所设有6个研究中心。

国家级平台：国家果树种质兴城梨 /苹果圃、国家苹果育种中心、国家落叶果树脱毒中心

农业部重点实验室：农业部园艺作物种质资源利用重点实验室、农业部果树种质资源利用重点开放实验室

农业部质量监督检验测试中心：农业部果品及苗木质量监督检验测试中心（兴城）

农业部野外台站：农业部兴城北方落叶果树资源重点野外科学观测试验站

中国农业科学院重点开放实验室：中国农业科学院果树种质资源与育种技术重点开放实验室

中国农业科学院工程技术中心：中国农业科学院苹果、梨工程技术中心

中国农业科学院野外台站：中国农业科学院葫芦岛落叶果树生理生态及有害生物野外科学观测试验站

中国农业科学院培训中心：中国农业科学院兴城农村实用技术培训中心

研究所研究中心：果树资源与育种研究中心、果树栽培与生理研究中心、果树植物保护研究中心、果品采后技术研究中心、果品质量安全研究中心、果品信息技术研究中心

截至2017年6月，研究所拥有在职职工208人，其中高级专业技术职务人员47人。

省部级有杰出贡献的中青年专家：米文广

国家农业产业技术体系岗位科学家及试验站站长：刘凤之、丛佩华、曹玉芬、董雅凤、王文辉、聂继云、程存刚

辽宁省“百千万”人才工程百层次人才：程存刚、聂继云、姜淑苓

辽宁省“百千万”人才工程千层次人才：张彩霞、安秀红、张俊祥、王海波

截至2017年7月，研究所拥有CNKI系列数据库、国研网、万方标准全文数据库（行业标准）、万方标准全文数据库（国家标准）、中国科学引文数据库（CSCD）、ScienceDirect （Elsevier）、SpringerLink、Wiley Online Library、Taylor & Francis、Science Online、Nature NPG、PNAS、Annual Reviews、American Society Microbiology Journals...、American Chemical Society Journals（ACS...、American Society for Horticultural Sci...、SpringerProtcols、ProQuest博硕士学位论文全文数据库、Proquest 生物、农业期刊全文数据库、Journal Storage、OECD iLibrary、CAB Plus（Full Text from CABI）、CAB Compendia、Web of Science （SCI/CPCI）、Journal Citation Reports （JCR）等数据资源。

截至2008年10月，研究所共承担国家、部（省）、市和中国农业科学院各级科研课题380余项。作为主持单位取得科研成果148项，其中99项成果获得各级奖励。先后获得全国科学大会奖1项、国家科学技术进步奖9项、国家自然科学奖1项、农业部科学技术进步奖13项、农业部科技成果技术改进奖29项、中国农业科学院科学技术成果奖7项一系列成果。

据2017年11月研究所官网显示，研究所建所以来，承担了国家及部省级科研课题400余项，取得重大科研成果150余项，为我国果树科技创新、果树产业发展与服务“三农”做出了重要贡献。

截至2017年6月，育成果树新品种 32 个，作为主持单位获奖 173 项，其中国家奖 7 项、省部级奖 82 项。

《中国果树》是农业部主管、中国农业科学院果树研究所主办的果树技术期刊，主要报道中国果树生产和科研新成果及进展，交流果树生产先进技术，提供国外果树科技信息，普及果树科技知识，主要栏目有试验研究、试验简报、经验交流、专题综述、调查报告、生产建议、实验技术与方法、国外果树科技、来稿选登、新品种选育、果业论坛、名优品种与果品等。入选为园艺类核心期刊、全国中文核心期刊、中国科技核心期刊、中国科技期刊精品数据库收录期刊、中国期刊方阵双百期刊。

《果树实用技术与信息》是由中华人民共和国农业部主管，中国农业科学院果树研究所主办的果树类期刊。主要有专家论坛、果业动态、果树栽培技术、果树医院、果农顾问、果品贮藏与加工、优新品种、新技术、新农药、产销动态、市场行情、果园综合开发、果树珍稀资源、知识角、市场营销等栏目。

截至2012年12月，研究所拥有学术学位二级学科博士点1个、学术学位二级学科硕士点4个、专业学位硕士点1个；设有果树种质资源与育种、果树栽培与生理、果树病虫害防治、果品贮藏与加工、果品质量安全等学科。

学术学位二级学科博士点：果树学

学术学位二级学科硕士点：农产品加工及贮藏工程、果树学、植物病理学、农业昆虫与害虫防治

专业学位硕士授权类别：园艺

硕士研究生在一年级课程学习阶段助学金标准为1000元/月，二、三年级回所后助学金与助研津贴合计在1300元/月以上。

博士研究生在一年级课程学习阶段助学金标准为1500元/月，二、三年级回所后助学金与助研津贴合计2500元/月以上。

2017年，研究所首次招收国际留学生，7名学生主要来自巴基斯坦信德农业大学、白沙瓦农业大学等高校，就读专业涉及果树学、植物保护等相关专业学科。

研究所标识中间是一棵结着果实的树的图案，研究所英文简称IP构成一棵树的主干，下方为波浪形线条构成的土壤。研究所英文全称环绕在果树的上方。

求实创新，拼搏发展。

2014年10月11日，中国农业科学院果树研究所科研处为在所研究生组织了“提升综合素质系列活动”之“迎国庆，爱祖国”登山活动。