中国动物卫生与流行病学中心的前身是农业部动物检疫所，成立于1979年，直属国家农业部，是农业部实施全国动物卫生行业管理的技术依托单位。

2005年，根据新时期农业农村经济发展需要，根据当前重大动物疫病防控的新任务、新要求，为提高我国重大动物疫病预防控制和应急处置能力，保障公共卫生安全，促进畜牧业持续、快速健康发展，根据国务院《国务院关于加快推进兽医体制改革若干意见》和事业单位分类改革的有关精神，经中编办批准，农业部对部属畜牧兽医单位的机构编制进行了调整，将单位更名为中国动物卫生与流行病学中心。

中国动物卫生与流行病学中心为承担重大动物疫病流行病学调查、诊断、监测，动物和动物产品兽医卫生评估，动物卫生法规标准和重大外来动物疫病防控技术措施研究等工作的国家级动物卫生机构，主要职责如下：

（一）负责组织开展动物流行病学调查、分析、研究和疫病普查；负责收集、处理、保藏各种动物血清，开展重大动物疫病动态监测和疫情追溯。

（二）负责重大外来动物疫病诊断、疫情监测及防控技术措施研究。

（三）负责收集国外动物疫情信息，建立国家动物卫生与流行病学数据库，开展动物疫病预警分析工作。

（四）承担动物和动物产品兽医卫生评估、动物疫病区域风险评估工作，组织实施企业动物卫生认证。

（五）协调国家动物卫生与流行病学分中心、国家兽医参考实验室、各级各类兽医实验室的流行病学调查工作，分析和汇总流行病学调查相关数据，提出流行病学调查总体报告。

（六）开展动物疫病诊断技术和诊断试剂研究。

（七）收集分析国际动物卫生法律法规和SPS协议相关法规及案例，开展动物卫生法规标准研究工作；承担动物卫生技术性贸易措施及国际兽医事务的综合评估工作。

（八）承担全国动物防疫标准化技术委员会和全国动物卫生流行病学专家委员会的日常工作。

（九）完成农业部交办的其他任务。

办公室

人事处（离退休工作处）

党委办公室

计划财务处

后勤处

科技与业务发展处

网络信息管理处

实验室管理处

国际兽医事务处

流行病学调查处

兽医卫生评估处

外来病研究中心

人兽共患病监测室

畜病监测室

禽病监测室

动物产品质量安全监测室

诊断试剂研究室

两岛办