中国工农红军第三十六军是由巴彦游击队改编而成的
红军部队。1932年11月巴彦抗日游击队改编为中国工农红军第三十六军江北独立师。军长兼独立师师长
张甲洲，第一政委（一说政治部主任）
赵尚志。1933年9月中国工农红军第三十六军番号取消。
中国工农红军第三十六军是由中国东北的抗日游击队改编成的红军部队。在东北
抗日战争期间的1932年10月，
中共满洲省委为了贯彻中央北方会议提出的“使义勇军变为红军，创造苏维埃政权”的指示，把一些东北的抗日游击队改编为红军番号建制，创建了中国工农红军第三十二军、三十三军、三十六军。因为兵力有限，按照先发番号再发展的原则，这三支红军番号的队伍没有设立真正意义上的军，而是首先设立了军下属的游击队。
中国工农红军第三十六军没有建立军部，只辖一支部队：中国工农红军第三十六军江北独立师。张甲洲任军长兼独立师师长，赵尚志任第一政委（一说政治部主任），吴福海任党代表兼第二政委。各大队都改为团的编制。此外，师部还直辖教导队、卫生队两个直属队。
中国工农红军第三十六军独立师由巴彦抗日游击队改编而成。巴彦抗日游击队是1931年“九·一八”事变以后，中共满洲省委在北满组建的一支抗日武装，这支抗日队伍的创始人是张甲洲。
1932年11月中旬，巴彦抗日游击队休整后准备开始第二次西征。这时，
中共满洲省委特派员吴福海来队，带来满洲省委两条指示：一是把巴彦抗日游击队改为中国工农红军第三十六军；二是打土豪，分田地，执行南方苏区
土地革命时期政策。当时巴彦抗日游击队的兵力不足于编一个军，但遵照省委先给部队番号后发展的原则，改编为中国工农红军第三十六军江北独立师，中国工农红军三十六军的番号保留，没有建立军部。改编以后，精简下250多名年老体弱的战士。
巴彦抗日游击队改编工农红军第三十六军以后，执行中央苏区
土地革命时期政策，每到一个地方就打击地主，把浮财分光。自从执行这项政策以后，有些情况产生了变化。原来大多数地主对游击队是支持的，给粮食、给武器；自从执行这个政策以后，他们就不在给游击队送粮食、送武器了，部队甚至受到地主武装的进攻。此外，部队上有些地主家庭出身的指战员，也渐渐离队。由于不再执行抗日统一战线，加之未能正确处理与少数民族的关系，使部队遭受不应有的损失。
1933年1月，红三十六军独立师在铁力县境内遭到日伪军的突然袭击，损失惨重。张甲洲和赵尚志带领纠察队和少先团70多干部战士突破重围。为避免部队不再遭敌军围歼，张甲洲和赵尚志等决定将部队化整为零，分散隐蔽，听令再集。张甲洲、赵尚志和几位部队领导人赶到哈尔滨，向
中共满洲省委汇报。当时原满洲省委书记罗登贤已被临时中央调回上海，新任省委书记华岗在赴任途中被捕，执行左倾路线的满洲省委组织部长、代理省委书记李实严厉地批评了张甲洲和赵尚志并开除了两人党籍。红军第三十六军也就名存实亡，1933年9月中共满洲省委取消了省内工农红军番号，东北地区的抗日游击队逐步改编为东北人民革命军。
中国工农红军第三十六军撤销后，张甲洲去富锦以教师身份为掩护从事地下工作，为抗联部队提供情报、枪支和电台，并策动富锦伪山林警察署长李景荫率部起义。张甲洲的行动引起了日伪当局的注意。1937年8月28日，张甲洲突遭日伪军武装伏击，壮烈牺牲，年仅30岁。原中国工农红军第三十六军独立师第一政委赵尚志在1933年4月去宾县参加抗日义勇军孙朝阳部队，继续从事武装抗日活动。后去珠河县组建东北反日游击队，被选为队长。该部队后发展为东北抗联第三军，赵尚志任军长。1942年2月12日率部袭击鹤立县梧桐河伪警察分驻所时英勇牺牲，时年34岁。原中国工农红军第三十六军江北独立师党代表、第二政委吴福海1933年1月任中共哈尔滨道里区委书记，4月任中共吉东局组织部部长。7月加入李延禄组建的抗日救国游击军。1937年后加入新四军，任
新四军战地服务团大队长、新四军先遣支队政治部文工团副团长、苏中军区海防纵队副司令员、华中军区海防纵队副司令员等职。新中国成立后任上海市农垦局副局长。原中国工农红军第三十六军江北独立师特派员
于天放于1933年3月被满洲省委派遣到齐齐哈尔，组建满洲省委龙江特别支部并任书记。后任东北抗联独立师随军学校教育长、11军（辖一个师）1师政治部主任。新中国成立后任黑龙江军区副政委、黑龙江省政府副主席。