中国水产科学研究院长江水产研究所是中国水产科学重点研究机构之一，隶属于农业部。1958年在南京成立中华人民共和国水产部长江水产研究所，先后更名为湖北省长江水产研究所、国家水产总局长江水产研究所、中国水产科学研究院长江水产研究所沙市分所，1984年定名为中国水产科学研究院长江水产研究所。

1958年，在南京成立中华人民共和国水产部长江水产研究所。

1965年9月，研究所由南京迁至湖北省沙市市（现荆州市）。

1970年，研究所更名为湖北省长江水产研究所。

1978年，研究所更名为国家水产总局长江水产研究所。

1982年，研究所更名为中国水产科学研究院长江水产研究所沙市分所。

1984年，定名为中国水产科学研究院长江水产研究所。

2005年，农业部同意长江所在武汉设立研究中心。

2010年8月，人力资源和社会保障部、全国博士后管理委会批准长江水产研究所设立博士后科研工作站。

2011年初，长江所武汉研究中心落成投入使用，当年3月长江所完成了科研主体由荆州向武汉的搬迁。

2013年，中国水产科学研究院长江水产研究所获批设立博士后创新岗位1个。

2018年1月，中国水产科学研究院长江水产研究所重庆台站环境分析实验室正式投入使用。

据2018年1月研究所官网显示，长江所实有工作人员249人，其中编制内181人、编制外68人；共有专业技术人员149人，其中有研究员18人、副研究员29人、助理研究员84人；拥有博士学位47人、硕士学位47人、大学本科50人；有农业部农业科研杰出人才1人及团队1个、中国水产科学研究院首席科学家2人、国务院政府特殊津贴享受者12人、湖北省人民政府特殊津贴享受者4人、湖北省新世纪高层次人才工程二层次以上人选3人。

农业部农业科研杰出人才：艾晓辉

农业科研杰出人才及其创新团队：水产动物药理与药残控制技术创新团队

中国水产科学研究院渔业保护与资源利用领域首席科学家：危起伟

中国水产科学研究院水产病害研究领域首席科学家：曾令兵

国务院政府特殊津贴享受者：雍文岳、杨德国、潘光碧、宁宗德、鲁大椿、左文功、翟良安、黄忠志等

据2018年1月研究所官网显示，长江所拥有1个农业部重点实验室、1个农业部监督检验测试中心、1个农业部重点野外科学观测试验站、1个农业部生态环境监测中心、1个农业部监测站、1个农业部放流中心、1个中国水产科学院重点开放实验室，设有的荆州基地拥有窑湾实验场、太湖试验场，设有水产种质资源保存与良种选育中心，全国水产标准化技术委员会淡水养殖分技委秘书处挂靠在研究所。

农业部重点实验室：农业部淡水生物多样性保护重点实验室、农业部长江流域水生动物疫病重点实验室

农业部监督检验测试中心：农业部淡水鱼类种质监督检验测试中心

农业部重点野外科学观测试验站：农业部长江中上游渔业资源环境重点野外科学观测试验站

农业部生态环境监测中心：农业部长江中上游渔业生态环境监测中心

农业部监测站：农业部长江中上游渔业资源监测站

农业部放流中心：农业部中华鲟保育和增值放流中心

中国水产科学院重点开放实验室：中国水产科学院淡水生态与健康养殖重点开放实验室

据2018年1月研究所官网显示，农业部淡水鱼类种质监督检验测试中心拥有固定资产近2500万元，配备检测仪器设备150多台（套），其中包括高效液相色谱仪、超高压液相色谱仪、液相-质谱联用仪、气相色谱仪、气相-质谱联用仪、原子吸收分光光度计、氨基酸分析仪、多功能生化分析仪、紫外分光光度计、荧光分光光度计、酶标仪、旋光仪、红外分光光度计、水分测定仪、定氮仪、多用电泳仪、双波长溥层扫描仪、高速离心机、电子天平、真空抽提器等。

据2018年1月研究所官网显示，长江所与美国、日本、捷克、新加坡等30多个国家的科研和教学机构建立了合作关系；为古巴、孟加拉等10多个国家提供了技术援助。

据2018年1月研究所官网显示，长江所先后承担各类科研项目700多项，获得各类科研成果170多项，其中，国家级奖励10项，省部级奖励91项；“十一五”以来，主持承担各类科研项目673项，其中国家自然科学基金21项，973计划1项，863计划2项，国家科技支撑计划13项，国家科技基础性工作专项1项，科技基础条件平台专项2项，科研院所社会公益研究专项3项，国家现代农业产业技术体系4项，公益性行业（农业）科研专项12项，农业结构调整专项3项，跨越计划1项；合同总经费约3.1亿元；获得省部级以上科技奖励19项；发表论文800多篇，其中SCI/EI论文289篇；获得专利授权100多项，其中发明专利36项。

研究所“鲤鱼杂交一代优势利用的研究”获得全国科学大会奖；“草鱼出血病防治技术研究”获国家科技进步奖；“中华鲟物种保护技术研究”、“鱼类胚胎及精子超低温冷冻保存”分获国家科技进步二等奖、国家发明二等奖。

长江所在淡水鱼类基础生物学、资源保护、育种和养殖、营养与饲料、病害防治等方面形成了技术积累，所从事的中华鲟、鲥鱼、大鲵、胭脂鱼等濒危水生动物的生物学、资源保护和繁殖等研究的技术方法处于中国内外领先水平；大口鲇高效规模化人工育苗、克氏原螯虾稻田规模化养殖、淡水池塘养殖生态工程等技术以及选育新品种“长丰鲢”的推广和应用都取得了社会与经济效益。

《淡水渔业》1971年创办，以报道科学实验和生产试验为主要特色，重点报道科研成果与科研动态，促进国内外学术交流，为教学与科研服务，为人才培养服务。主要刊登渔业生物技术、渔业资源、渔业设施、渔业环境保护、水产养殖与增殖、渔业生物病害、水产品加工与综合利用等方面的科学实验和生产试验报告，少量刊登研究简报和综述。该刊被中国科学引文数据库（CSCD）核心库收录，是中文核心期刊、中国科技论文统计源核心期刊（中国科技核心期刊），曾获全国优秀学术期刊、全国优秀农业期刊、全国优秀水产期刊等荣誉。

据2018年1月研究所官网显示，长江所设有一个博士后科研工作站，与华中农业大学、西南大学、上海水产大学、江西农业大学、四川农业大学、昆明理工大学、重庆师范大学、中国科学院水生生物研究所等院校和科研院所联合培养研究生。

博士后科研工作站：中国水产科学研究院长江水产研究所博士后科研工作站

据2018年1月研究所官网显示，长江所共有博士生导师3人、硕士生导师20人。

截至2012年7月，长江所联合培养硕士研究生共毕业133人；2013年，共联合培养硕士研究生毕业24人。

研究所所徽上印有英文简称YFI，整体为一只鱼头的艺术图案，下方的波浪形也寓意为长江。

研究所宗旨：立足科研、提升创新能力，拓展空间、支撑行业发展

2021年12月28日，中国水产科学研究院长江水产研究所荣获“中国渔政亮剑2021”系列专项执法行动成绩突出集体称号。