中国海监三沙市支队（简称三沙市海监支队）成立于2011年5月5日，隶属于
三沙市海洋与渔业局，接受
中国海监海南省总队和
三沙市的
双重领导。三沙市海监支队机关驻地位于
海南省三沙市西沙
永兴岛。
2010年12月，在
海南省人民政府、
国家海洋局的重视下，通过
中国海监海南省总队及海南省
西南中沙群岛办事处海洋与渔业局的共同努力，海南省机构编制委员会下发《关于西南中沙行政体制调整方案的通知》，同意成立“
中国海监海南省总队西南中沙支队”，
中国海监总队批准使用“
中国海监”的称谓。
2012年6月，国务院批准撤销海南省西沙群岛、南沙群岛和中沙群岛办事处，设立地级三沙市。2012年7月24日
三沙市人民政府正式成立后，原
中国海监海南省总队西南中沙支队更名为中国海监三沙市支队。
2012年7月25日，中国海监三沙市支队经过半个月时间的海岛巡查，完成了对
西沙群岛部分
领海基点海岛的核查工作，主要对
赵述岛、北岛、
中岛、南岛等
七连屿海域
领海基点以及
晋卿岛附近
岛礁领海基点进行登岛核查。