中国科学技术大学自动化系成立于 1958 年，国内第一个自动化系。自动化系建立半个世纪以来，为我国培养了大批杰出人才，已成为我国培养
高新技术领域各层次高级专门人才的摇篮。
自动化主要研究各种
系统信息互相作用的规律性，以及利用这些规律对系统进行设计、优化和控制，自动化科学与技术是通过各种自动控制装置，各类机器人和其它自动机构来代替或延伸人类的信息获取、处理、控制、管理和决策等功能。它不仅把人类从繁重的体力与部分脑力劳动中解放出来，而且能够在各种特殊环境中去完成各种精密、复杂和危险的工作。在人类科学技术发展的历史进程中，自动化科学和技术始终与新兴学科和先进科学技术深深融合在一起，在工业、农业、军事、航天、经济、商业以及日常生活中占有十分重要的地位。
自动化系毕业生适应面广，历年来供不应求，深造和求职的选择余地很大。其中大部分本科生被录取为国内外的研究生，其余同学根据“
双向选择”的原则在科研院所、高校、国家重点企事业单位和国内外知名公司都能找到发挥自己所学专长的工作岗位。自动化系的毕业生广泛从事电子信息、先进制造等领域的科学研究、教学、系统设计、新产品研制、硬软件开发，以及金融、企事业单位、国家行政部门的管理工作，另外也有部分毕业生自己创业，经营各种类型的高科技公司，为我国的自动化事业和信息产业作贡献。
自动化系的本科专业为“
自动化”；在科研及研究生培养方面与一级学科“控制科学与工程”相对应，下设“
控制理论与控制工程”、“检测技术与自动装置”、“
系统工程”、“
模式识别与智能系统”、“
导航、制导与控制”、“
网络传播系统与控制”、“信息获取与控制”七个二级学科；并设立了“控制科学与工程”
博士后科研工作流动站。
研究生按二级学科招生按一级学科培养。自动化系十分重视对学生的创新能力培养，要求学生具有坚实的数学和控制理论基础，能熟练掌握和
应用电子、
计算机、
现代通信技术，并鼓励学生跨学科选修专业课程。高年级本科学生可以进入科研实验室参加前沿科研项目研究，也可以利用暑期到北京自动化所、沈阳自动化所、北京声学所、长春光机所、合肥智能所等科研单位参加大学生研究计划。