学院在“
化学工程与技术”一级学科建制下，下设七个教研室，包括：化工基础教研室、应用化学教研室、资源化工教研室、环境化工教研室、能源化工教研室、工业催化教研室和生物化工教研室。教研室学科方向的设置，基于化学工程本科、研究生常规课程的广度和深度，结合课程体系，涵盖了化学工程应用基础前沿研究方向，为“重前沿、重能力、重实践”教学体系建设和科技创新目标的实现打下坚实的基础。学院正在逐步建立起引领性、系统性、实践性、交叉性、国际性的本科生、研究生课程体系，每年拟开设各类课程30余门。在学学生近一千四百人，均为研究生。
学院有化学工程与技术一级学科硕士、博士学位点，化学工程、化学工艺、应用化学、生物化工和工业催化5个二级学科硕士、博士学位点，
化学工程专业硕士培养点，化学工程与技术一级学科
博士后流动站。
2017年9月25日上午，在雁栖湖畔，
中国科学院大学为新成立的化学工程学院举行了揭牌仪式。中科院院长兼党组书记、国科大名誉校长
白春礼院士，中科院副院长、国科大校长丁仲礼院士，中科院过程工程研究所所长张锁江院士等出席揭牌仪式。根据国科大 “科教融合”的办学体制，新的化学工程学院由中科院过程工程研究所承办，由中科院大连化物所、山西煤化所、理化技术所、青岛生物能源与过程所、青海盐湖所、上海高研院、上海有机化学所、兰州化物所、广州能源所、天津工业生物技术所、成都有机化学所、广州化学研究所等参与共建。该学院由张锁江担任化学工程学院院长。白春礼、丁仲礼、张锁江一起为新学院揭牌。
丁仲礼在致辞中指出，我国是化工大国，需要大量的化工高端人才，化学工程学科是中科院的优势学科，有很好的学科基础，希望化学工程学院的成立为提升国科大的工程技术教学水平做出更好的贡献。张锁江在代表13家共建单位发言时表示，新学院的揭牌是一个里程碑式的新起点，为化学工程的科研—教育—产业协同创新、引领支撑化学工业未来变革，开创“新化工”揭开了新篇章。学院将在中科院和国科大的领导下，汇全所之力，聚全院优势，践行“四个率先”，把国科大化工学院逐步建成科、教、产一体化的典范。此次揭牌仪式由国科大副校长杨国强主持。
2019年1月29日上午，正大国际科技集团旗下正大国际科学院有限公司与中国科学院大学教育基金会签约，宣布捐赠1.3亿元人民币，用于建设国科大化学工程学院教学科研楼。国科大党委常务副书记、副校长兼国科大教育基金会理事长董军社，与正大集团资深副董事长、正大国际科技集团董事长谢炳共同签署捐赠协议。签约仪式由国科大化工学院常务副院长朱庆山主持，化工学院院长张锁江院士出席仪式并讲话。