2015年7月24日下午，中国科学院大学与浙江通策控股集团有限公司签署共建协议，决定共同创办中国科学院大学存济医学院。根据协议，通策集团将长期支持国科大存济医学院的建设和发展，并首先以向国科大教育基金会捐款的方式，支持国科大在怀柔雁栖湖校区建设存济医学院大楼，购置教学与科研设备。
2015年12月8日，北京市怀柔区人民政府与中国科学院大学在国科大雁栖湖校区国际会议中心举行签约仪式，宣布共建
北京怀柔医院。
2018年6月12日上午，中国科学院大学与重庆市卫生计生委正式签署协议，重庆市人民医院成为国科大直属附属医院——“中国科学院大学重庆医院”，并依托该院建设“中国科学院大学重庆临床医学院”。
2018年7月29日，由中国科学院大学、
中国疾病预防控制中心、
中国卫生信息与健康医疗大数据学会三方共建的“中国科学院大学健康医疗大数据国家研究院”在中国科学院学术会堂宣告成立。
2018年8月13日上午，中国科学院大学与重庆市南岸区签署合作协议。签约仪式上，中国科学院大学重庆仁济医院揭牌成立，重庆市第五人民医院（前身为英美教会在1896年设立的仁济医院）成为国科大直属附属医院，并将与国科大重庆医院共同建设“中国科学院大学重庆临床医学院”。
学院有教职员工86人，其中教授75人、副教授5人；校本部招生导师17人，其中院士8人；百余位医学家出任兼职教授或客座教授，其中美国科学院院士1人，中科院或工程院院士28人。