中国科学院昆明分院前身是中国科学院成立于1957年的中国科学院昆明办事处，1978年10月，经国务院批准，成立中国科学院昆明分院。昆明分院作为中国科学院机关的派出机构，负责联络和协调中国科学院在云南和贵州地区的中国科学院昆明植物研究所、中国科学院昆明动物研究所、中国科学院西双版纳热带植物园、中国科学院地球化学研究所、中国科学院国家天文台云南天文台等5个科研机构。

1957年，中国科学院昆明办事处成立。

1958年，扩建为中国科学院云南分院。

1962年，中国科学院云南分院与四川分院、贵州分院合并，共同在成都成立中国科学院西南分院。

1978年10月，经国务院批准，西南分院撤销，成立中国科学院昆明分院。

截止2014年12月，昆明分院有在职职工2097人。其中科技人员1641人，包括中国科学院院士5人、第三世界科学院院士2人，研究员及正高级工程技术人员233人、副研究员及高级工程技术人员336人。有百千万人才项目入选者19人、国家杰出青年基金获得者28人、优秀青年科学基金获得者8人、中青年科技创新领军人才”7人、国家有突出贡献青年专家2人、国务院政府特殊津贴获得者67人；中国科学院百人计划入选者82人、王宽诚西部学者突出贡献奖32人、王宽诚卢嘉锡青年人才奖5人、卓越青年科学家3人、青年创新促进会会员62人、西部之光项目入选者516人。

截止2014年12月，昆明分院有5个下属院所，4个国家重点实验室，6个院重点实验室，8个院地共建重点实验室，2个院级研究中心，3个共建工程中心。

中国科学院西双版纳热带植物园：截至2015年9月，中国科学院西双版纳热带植物园取得国家级、省部级成果奖励100余项。

中国科学院地球化学研究所：截至2014年3月，地球化学研究所1978年以来，获省、部级以上科技成果奖284项，其中国家自然科学奖、科技进步奖和发明奖51项（特等奖和一等奖5项），中国科学院科技成果奖138项，省部级科技成果奖95项。

中国科学院昆明动物研究所：根据2016年1月研究所官网显示，2014年，昆明动物研究所获国家自然二等奖1项，云南省自然科学二等奖1项，获省科技进步奖三等奖1项。

中国科学院云南天文台：截至2015年11月，云南天文台科研成果获省部级及以上科技成果奖18项，其中国家自然科学奖二等奖1项，云南省特殊贡献奖（云南省最高科技奖励）1项、月球探测工程特殊贡献奖1项。

中国科学院昆明植物研究所：根据2016年1月研究所官网显示，2010-2014年，昆明植物所获得省部级及以上各类科技奖励23项，先后获云南省自然科学特等奖2项，云南省自然科学一等奖2项，云南省科技进步一等奖2项。

中国科学院西双版纳热带植物园：截至2015年9月，中国科学院西双版纳热带植物园共承担科研项目900余项。

中国科学院昆明动物研究所：截至2015年5月，2014年，昆明动物所共有在研项目455项。其中，主持国家重点基础研究发展计划（973）项目2项、主持课题11项，国家高技术研究发展计划（863）课题1项，国家科技基础性工作专项3项；参与国家重大科技专项课题9项，主持国家自然科学基金创新群体1项，重大项目1项，重点项目5项，国家杰出青年科学基金项目4项，国家优秀青年科学基金项目3项，面上项目65项，青年项目37项。

中国科学院昆明植物研究所：2010-2014年，昆明植物所主持国家重大科学研究计划1项，国家科技支撑计划1项，科技基础性工作专项2项，重大新药创制专项1项，国家杰出青年科学基金2项，国家自然科学基金重点项目（含联合基金）17项。

中国科学院西双版纳热带植物园：截至2015年9月，中国科学院西双版纳热带植物园发表学术论文3000余篇，申请专利90余项，授权专利50余项，主编出版专著近40部。

中国科学院地球化学研究所：截至2014年3月，地球化学研究所出版专著180余部。

中国科学院云南天文台：截至2015年7月，云南天文台以面向天文学科前沿为导向，在Nature、Science、APJ、MNRAS、A&A、AJ、SPIE等各类SCI和EI刊物发表原创性学术论文1000篇，2014年发表sci论文682篇。其中大样本恒星演化理论研究成果写入Springer等出版社出版的33本教科书和专著。

中国科学院昆明动物研究所：根据2016年1月研究所官网显示，2014年，昆明动物所发表论文319篇，其中SCI论文246篇，影响因子大于9的24篇，影响因子5至9的37篇。申请专利21项，获授权24项；出版专著2部。

中国科学院昆明植物研究所：根据2016年1月研究所官网显示，2010-2014年，昆明植物所发表SCI论文1769篇，其中发表在领域前15%期刊论文523篇；授权各类专利119件。

截止2015年12月，昆明分院有24个硕士点，18个博士点，7个博士后流动站。

一级学科博士后流动站：生物学（西双版纳热带植物园）、天文学、生物学（昆明动物研究所）、生物学（昆明植物研究所）、地质学

二级学科博士后流动站：地球化学、矿物学岩石学矿床学

在生命科学与生物技术方面，以保护生物学、资源生物学和进化生物学三大学科领域为重点，形成生物区系的形成与演化、重要生物类群的起源和进化、生物多样性与保护生物学、重要资源生物可持续利用、原创性天然药物的研究5个重点优势学科。

在资源环境科学与技术研究方面，形成矿床地球化学、环境地球化学、地球深部物质研究和地质流体作用地球化学等优势学科。

在天文科学研究方面，开展天体物理、太阳物理、应用天文学等方面的研究，形成了大样本恒星演化及星族合成、恒星结构演化和恒星振动、活动星系和星系物理、太阳活动区物理及太阳活动预报、人造天体精密定位与形态识别、天文新技术方法等优势学科。

截止2014年12月，昆明分院有有博士生导师184人，硕士生导师157人（其中外籍导师5人）。已培养博士生1750人、硕士生2108人；有在读研究生1373人，其中博士生717人（外籍55人）， 硕士生656人（外籍9人）；在站博士后108人（外籍12人）。