中国科学院沈阳分院是中国科学院的派出机构，协助院管理中科院在辽宁省的大连化学物理研究所、金属研究所、沈阳应用生态研究所、沈阳自动化研究所、沈阳计算技术研究所、沈阳科学仪器股份有限公司和在山东省青岛市的中国科学院海洋研究所、青岛生物能源与过程研究所、烟台海岸带研究所。

中国科学院沈阳分院是中国科学院的派出机构,负责联络和协调中国科学院在辽宁省和山东省的研究所。沈阳分院的前身是1952年成立的中国科学院东北分院，负责管理中国科学院驻东北的工业化学研究所等8个科研单位。1954年8月东北分院撤销，所属研究所归中国科学院直接领导。1958年12月，成立中国科学院辽宁分院，负责管理中国科学院在辽宁地区和地方的科研机构。1961年8月辽宁分院撤销，所属科研机构划归辽宁省科委领导。1962年10月恢复中国科学院东北分院，负责管理中国科学院在东北的科研单位。1970年8月东北分院撤销，所属单位归地方领导。1978年5月中央批准恢复成立中国科学院沈阳分院。

沈阳分院系统的研究领域以技术科学为主，涉及到材料科学与工程，选控化学与工程，制造科学与自动化技术和计算机技术，应用生态学与生物技术，海洋科学与工程等，基础研究、应用研究和开发工作兼有。

沈阳分院系统现有5个国家重点实验室，8个国家工程研究中心， 5个中科院开放实验室，6个中科院野外试验站，2个中科院研究、监测中心。这些国家、院重点实验室、工程中心、开放站、中心的建立，显示了较雄厚的实力并为沈阳分院系统在相关学科领域内高水平地完成科研任务及开展国际、国内学术交流与合作，奠定了坚实的基础。

沈阳分院系统还与省、市共建了54个重点实验室、工程中心、推广中心和试验基地。这些共建的实验室、中心和基地发挥了中国科学院沈阳分院的学科优势，为面向国民经济主战场，加速高新技术产业化，改造传统产业，密切院地合作，振兴地方经济和促进社会发展做出了重要贡献。

2006年, 沈阳分院系统共承担国家和地方科研项目1069项,其中基础研究项目281项, 应用研究634项, 试验发展项目67项，其他项目87项。其中，国家项目554项，中科院重点项目等111项。

2006年，沈阳分院系统共获科技成果奖20项。其中国家奖3项，地方政府奖17项。

2006年，沈阳分院系统共有科技企业45家，高技术企业总收入15.5亿元。

2006年，沈阳分院组织各所积极开展产学研活动，组团参加各地、各类技术交易会18个，共签定正式技术和产品合同904项，合同额3.9亿元，扩大了各所的影响。

作为院的派出机构，沈阳分院在努力做好领导班子建设和院地合作两大主要工作的同时，始终把为研究所、转制单位的改革与发展服务，促进其发展壮大作为分院的根本目标，在中国科学院与地方之间努力发挥桥梁与纽带作用，并积极做好党建工作、队伍建设工作和机关自身改革工作。

在领导班子建设方面，完成了沈阳应用生态所、沈阳自动化所和海洋所领导班子换届考核和党委改选。配合院有关部门在青岛、烟台分别组建新研究所工作，各项筹备工作进展顺利；举办了第20期所级干部暑期学习班；举办了4期党委书记学习日，重点总结交流了党员先进性教育长效机制建设经验、学习中央关于党建工作的4个重要文件和交流学习《江泽民文选》的体会等。分院党组和所领导班子坚持理论中心组学习制度，完成了全年学习计划。分院党组自身严格坚持规定，同时督促所级党员领导干部严格执行双重组织生活制度，分院党组主要领导亲自参加各所班子民主生活会，了解班子成员思想状况，帮助分析问题，查找原因，提出改进工作的建议。从2002年起分院每年年终对各单位领导干部政治理论学习情况进行量化指标检查，这些作法对督促所级干部提高政治理论水平和增强学习的自觉性起到了推动作用。

在院地科技合作工作方面，按照“需求导向、优势集成、突出重点、注重实效”的原则，组织制定了《“十一五”院地合作战略规划》，明确了在辽宁、山东两省的工作布局、任务目标、配套措施，从而形成了沈阳分院“十一五”院地合作的总纲领，即“以促进区域创新体系建设为核心、以平台共建为载体、以项目合作为牵引、以人才合作为关键，积极创新分院院地合作模式，实现知识创新体系与区域创新体系、技术创新体系的有效结合，为区域社会、经济、科技发展不断做出应有的贡献，努力实现院‘一认可，两满意’的要求”。在辽宁，以共建“中国科学院大连科技创新园”、 “中国科学院沈阳科技创新园” 和“建设沿海海水生态养殖及海洋生物技术产业示范带”的“两园一带”为主要工作，促进辽宁区域创新体系建设。

在山东，经沈阳分院的精心策划和山东省科技厅、山东省科学院的共同努力，三方就缔结“科技创新战略联盟”、共建“中国科学院沈阳分院—山东省科学院高技术研究发展中心”达成共识，并在共建实验室、工程中心等创新单元方面签订了9个合作协议。

“国家机器人工程研究中心山东分中心”、“海洋环境监测技术联合实验室”、“国家高档数控工程研究中心山东分中心”、“无损检测工程技术研究中心”已经正式挂牌运行，“生物质清洁燃料联合实验室”、“工业污染物处理联合实验室”等筹备工作已经就绪，即将正式挂牌运行。现沈阳分院正在与院机关及山东省有关部门沟通，建议以“两院中心”为基础，组建“中国科学院山东高技术研发与转化中心”，吸引更多的院内单位参与同山东的科技合作，真正起到“引领山东区域创新体系建设”的作用。

沈阳分院还积极推进东北振兴及“东北之春”项目落实。在院东北振兴领导小组的领导下，东北办与院产业局协调落实东北振兴重大项目4个，获院东北振兴支持资金1600万元，获外部资源9098万元；落实重点项目8个，获院东北振兴支持资金390万元，获得外部资源5593万元。2006年，新组织遴选了6个重大、22个重点项目，论证工作正在进行；组织了对已经立项的重大和重点项目的进展检查工作；2006年，沈阳分院组织向院申报“东北之春”项目共9个，博士研究生14人；获得院批准5个；为地方培养博士研究生14人，获经费支持28万元。

沈阳分院系统的对外科技交流活动日益活跃，已同世界40多个国家和地区建立了长期稳定的国际合作与学术交流关系。2006年，共接待各国来访的科学家1070人次，派往国外的访问学者580人次，各学科在国际同行的影响与交往不断扩大，在学术交流、国际合作、培养人才诸多方面取得显著成绩。

中国科学院沈阳分院分党组书记、院长，系统单位党委书记：毛志远

中国科学院沈阳分院分党组副书记：杨宏

中国科学院沈阳分院纪检组组长、分党组成员，沈阳分院系统单位党委副书记、纪委书记：李明

历任院长（自1978年恢复建制以来）

李薰 任职时间：1979年7月—1983年5月

郭可信 任职时间：1983年5月—1988年6月

骆继勋 任职时间：1988年6月—1996年11月

张振武 任职时间：1996年11月—2001年3月

王庆礼 任职时间：2001年2月—2009年3月

包信和 任职时间：2009年4月—2014年6月

韩恩厚 任职时间：2014年5月—2021年11月

于海斌 任职时间：？—2024年7月

历任党组书记（自1978年恢复建制以来）

丁岩 任职时间：1979年7月-1983年5月

郑崇达 任职时间：1983年6月-1984年8月

骆继勋 任职时间：1984年8月-1992年10月

王景川 任职时间：1992年10月-1997年12月

张振武 任职时间：1997年12月-2001年2月

王庆礼 任职时间：2001年2月-2009年3月

马思 　任职时间：2009年4月—2014年6月

王启尧 任职时间：2014年5月-2016年11月

姬兰柱 任职时间：2016年11月—2020年7月