中国科学院深海科学与工程研究所（简称深海所）成立于2011年，由海南省人民政府、三亚市人民政府和中国科学院三方联合共建，位于中国海南省三亚市鹿回头半岛。

2011年，中国科学院启动筹建研究所，海南省人民政府、三亚市人民政府和中国科学院三方联合共建。

2013年，中国科学院深海科学与工程研究所“深海地质与地球化学研究室”、“深海极端环境模拟研究实验室”、“深海探测技术研究室”成立。

2014年10月，中国科学院深海科学与工程研究所“深海地球物理与资源研究室”成立。12月，“深海信息技术研究室”成立。同年，“海洋环流观测与数值模拟研究室”、“深海资源开发研究室”成立。

2015年6月，研究所正式获得中编办批复，定名为“中国科学院深海科学与工程研究所”。

2016年3月，中国科学院深海科学与工程研究所“深海视频技术研究室”成立。11月，研究所与海南中学顺利签署合作共建协议暨 “海南中学综合实践基地” 授牌仪式。

2017年8月，中国科学院依托深海所，筹建中国科学院深海技术创新研究院。

2018年2月，中国科学院深海科学与工程研究所与深圳华大生命科学研究院签署战略合作协议。7月，海南省“海智计划”中国科学院深海科学与工程研究所工作站正式揭牌成立。11月，中国科学院深海科学与工程研究所与中国地质调查局广州海洋地质调查局在深海所签署战略合作协议。

2022年2月，中国科学院深海科学与工程研究所与中国海洋大学签署战略合作协议，充分发挥中国科学院深海科学与工程研究所和中国海洋大学的综合优势和的特色优势。

根据2019年2月研究所官网显示，中国科学院深海科学与工程研究所正式编制300人，流动编制350人。截至2018年12月，全所在册职工192人，其中岗位聘用146人、项目聘用40人、博士后6人。在册职工中具有研究生学历141人，其中博士研究生62人。专业技术岗位中，正高级岗位28人，副高级岗位27人。

国务院政府特殊津贴专家（名单不全）：彭晓彤、吴时国

国家“万人计划”领军人才（名单不全）：彭晓彤

科技部“中青年科技创新领军人才”（名单不全）：彭晓彤

中科院“百人计划”人才（名单不全）：彭晓彤、荆红梅

根据2019年2月研究所官网显示，中国科学院深海科学与工程研究所下设2个研究部门，分设13个基本研究和技术支撑单元。此外，研究所还和中国科学院南海海洋研究所、香港科技大学共建了三亚海洋科学联合实验室。

所属研究单元（12个）：深海生物学研究室、深海地质与地球化学研究室、深海地球物理与资源研究室、海洋环流观测与数值模拟研究室、深海极端环境模拟研究实验室、地外海洋系统研究室、深海探测技术研究室、深海信息技术研究室、深海资源开发研究室、深潜技术研究室、深海视频技术研究室、工程实验室

所属技术支撑单元（1个）：分析测试中心

中国科学院深海科学与工程研究所图书馆是中国科学院深海科学与工程研究所所属的小型专业图书馆，馆舍还处于筹建中，数字图书馆已上线运行，馆藏以物理海洋学、海洋化学、海洋生物学、海洋地质学及海洋工程学等学科专业书籍为主。图书馆先后购买开通了Elsevier、Nature、Science、AGU、Web of Science、IEEE、CNKI等中国国内外数据库，形成了较完备、系统的文献信息资源体系。根据2019年2月研究所官网显示，研究所图书馆拥有100多个全文、文摘和工具型数据库（包含期刊、图书、会议论文、专利等文献）。

研究所还有海南岛鲸类搁浅记录专业数据库，下设鲸类搁浅数据库（记录了海南岛及其周边海域目前能够收集到的鲸类搁浅信息并进行实时更新）、鲸类分类数据库（给出了鲸类动物较权威的中文名称和分类系统）、中国鲸类物种信息数据库（中国历史上有文献记载的所有鲸类动物的物种名称和分类地位）。

“探索一号”为中国科学院深海科学与工程研究所所属的4500米载人潜水器母船及具备通用深水科考、海洋工程应用能力的科考船舶，安装有深海作业绞车系统、测深系统、沉积物采集装置、地震空压机系统、及门架、吊车等辅助机械；主要包括：万米级CTD绞车系统2套及铠装缆1套、万米级地质绞车系统及钢缆1套、光电缆绞车1套（尚无光电缆）、万米测深仪1套、12通道沉积物柱状采样器1套、箱式采泥器1套、活塞柱状采泥器1套、地震空压机及大容量气枪2套、CTD门吊1台、4T伸缩折臂吊1台、8T伸缩折臂吊1台。

中国科学院三亚深海科学与工程研究所“深海地质与地球化学研究室”建立有比较完善的深海地质地球化学分析实验平台，拥有气相色谱、离子色谱、偏光显微镜、气体分析仪、深海原位培养装置等一批中小型仪器设备。

2017年7月8日至10日，由中国科学院深海科学与工程研究所主办，海南省海底资源与探测技术重点实验室承办的南海地球物理探测与资源学术讨论会暨海南省地球物理学会第一届第一次会员代表大会在海南（海口、三亚）召开。会议共同探讨南海地球物理与地质资源前沿问题，共谋海南省海洋地球物理事业发展。

2016年10月17-21日，“第五届海峡两岸鲸豚研究和保护研讨会”在中科院深海所举办。大会包含50个口头报告，共收到64份摘要，内容涵盖海洋哺乳动物生态与保护、声学与行为、遗传与演化、搁浅与救助、生理与毒理等领域，与会专家学者围绕”鲸豚基础研究及相关科学研究服务于鲸豚资源保护”的核心展开交流和研讨。

2016年8月26-27日，由深海所和南海所联合主办的“西北太平洋-南海深海环流观测与数值模拟研讨会”在研究所综合楼904会议室召开。会议期间各位专家就西太深渊环流、南海中深层环流、印度洋翻转环流、区域海洋中尺度过程等方面的最新研究工作做了报告，各单位研究生也分别展示了工作进展。

2018年，中国科学院深海科学与工程研究所发表学术论文107篇，承担课题项目17项。

2017年，中国科学院深海科学与工程研究所发表学术论文10篇，承担课题项目12项。

2016年，中国科学院深海科学与工程研究所发表学术论文61篇，承担课题项目11项。

2015年，中国科学院深海科学与工程研究所发表学术论文33篇，承担课题项目34项。

2014年，中国科学院深海科学与工程研究所发表学术论文31篇，发表专著1部，承担课题项目56项。

2013年，中国科学院深海科学与工程研究所发表学术论文37篇，承担课题项目28项。

2017年2月，中国科学院深海科学与工程研究所获“中国科学院先进集体”荣誉。

根据2019年2月研究所官网显示，中国科学院深海科学与工程研究所与中国科学院大学合作培养，在2个一级学科学位点与3个二级学科学位点进行学术型硕士学位研究生招生。

学术学位授权一级学科硕士点

海洋科学、机械工程

学术学位授权二级学科硕士点

物理海洋学、海洋生物学和海洋地质、机械电子工程

学术学位授权一级学科博士点

海洋科学、机械工程

学术学位授权二级学科博士点

物理海洋学、海洋生物学和海洋地质、机械电子工程

截至2018年12月，中国科学院深海科学与工程研究所有博士生导师19人，硕士生导师14人；截至2017年9月，有中国科学院“百人计划”入选者8人（包括率先行动“百人计划”）。

研究所奖学金旨在奖励在评奖当年年度内科研工作及学习成果突出的先进个人。包括发表文章、在所内外做学术报告、参加各类国际学术会议、在各类学术会议上做口头报告、做墙报等。以上各种成果满足3项及以上的研究生给予2000元/人奖学金。此外，研究所还可享受研究生国家奖学金，博士生国家奖学金奖励标准为每生每年3万元；硕士生国家奖学金奖励标准每生每年为2万元。

中国科学院深海科学与工程研究所参与中国科学院大学国家建设高水平大学公派研究生项目，攻读博士学位研究生的留学期限一般为36-48个月，具体以拟留学院校或单位学制为准。资助期限原则上不超过48个月，联合培养博士研究生的留学期限、资助期限为6-24个月。

中国科学院深海科学与工程研究所标识以圆为总体图形，表示地球。以蓝色为总体色调，诠释海洋。中间核心部分是船舶和潜水器的图形结合，底部狮子鱼是深海特有生物，IDSSE是深海所英文简写，整体既代表深海科学与工程技术研究的学科方向，也寓意人与自然的有机结合。靠上部分翻涌的海浪及浪花展示深海人砥砺探索、勇立潮头的精神，右部分的线条也代表三亚湾，浪花入海处代表深海所的地理位置。所全称采用篆体，与中国国内绝大多数标识形成鲜明对比，具有独特性和强烈的视觉效果，也传递一种向深海领域探索的神秘感。

研究所以深海环境与生态过程、深海地质构造、沉积演变及其油气矿产资源、深海环境下的生物学特征为主要研究方向，致力于深海核心科学问题的解决，并促进与深海科学研究相关的深海工程技术与装备设备研发；利用地域位置，避开传统领域的竞争，形成专业特色，营造文化优势，进入国际前沿，在中国最为临近深海的省份建立完备的国立深海研发基地，成为国家深海研发试验的共享开放平台，填补中国深海战略上的地域空白。

追求真理、勇攀高峰，服务国家、造福人民，自强不息、艰苦奋斗，淡薄名利、团结协作，实事求是、科学严谨。

唯实、求真、协力、创新

2021年4月27日，被中华全国总工会授予全国五一劳动奖状。

2021年6月28日，中国科学院深海科学与工程研究所党委被中共中央授予“全国先进基层党组织”荣誉称号。

2022年4月，中国科学院深海科学与工程研究所“深海勇士”号团队荣获2022年全国工人先锋号称号。