中国疾病预防控制中心（简称中国疾控中心）成立于2002年1月23日，是由国家疾病预防控制局主管的实施国家级疾病预防控制与公共卫生技术管理和服务的公益事业单位。

1983年12月23日，卫生部报请国务院批准，成立中国预防医学中心。

1986年1月19日，中国预防医学中心更名为中国预防医学科学院。

2002年1月23日，在中国预防医学科学院、卫生部工业卫生实验所、中国健康教育研究所、中国农村改水技术中心的基础上，组建成立中国疾病预防控制中心。

2018年，根据《中央编办关于国家卫生健康委所属事业单位机构编制的批复》，设立中国疾病预防控制中心，为国家卫生健康委直属事业单位。

2018年7月29日，中国疾病预防控制中心与中国科学院大学签署战略合作协议。

2019年9月25日，中国疾病预防控制中心与浙江大学签署战略合作协议。

2020年11月10日，中国疾病预防控制中心与中国计量科学研究院签署战略合作协议。

2022年7月，中国疾病预防控制中心由国家卫生健康委划转国家疾病预防控制局管理。

2023年3月1日，中国疾病预防控制中心二期工程项目宣布开工建设，总建筑面积17.15万平方米。

2024年6月，中国疾控中心二期工程全面进入二次结构施工阶段。

根据2020年7月官网显示，中国疾病预防控制中心有院士5人，其中中国科学院院士2人、中国工程院院士3人，此外还有一批国家杰出青年基金获得者，国家973项目首席科学家，中国科学院“百人计划”入选者等专家。

中国科学院院士（2人，专职）：曾毅、高福

中国工程院院士（3人，专职）：侯云德、洪涛、徐建国

国家自然科学基金杰出青年基金获得者（名单不全）：徐建国、高福

国务院享受政府特殊津贴专家（名单不全）：洪涛、王大燕、王华庆、张永振、周脉耕、赵文华

国家有突出贡献的中青年科学家（名单不全）：曾毅、侯云德、洪涛

中国科学院“百人计划”入选者（名单不全）：高福

根据2020年7月官网显示，中国疾病预防控制中心有下属科研部门11个，有国家重点实验室1个，国家卫生计生委重点实验室3个，中心重点实验室3个。

世界卫生组织参比实验室（5个）：WHO流感参比和研究合作中心、WHO西太区麻疹风疹参比实验室、WHO西太区脊灰参比实验室、WHO西太区乙脑参比实验室、WHO西太区轮状病毒参比实验室

国家研究中心（2个）：国家朊病毒检测中心、中国微生物菌毒种/医学病毒保藏管理中心

国家级重点实验室（1个）：传染病预防控制国家重点实验室

省、部级工程研究中心（1个）：卫生部微生物基因组研究中心

省、部级重点实验室（3个）：卫生部微量元素与营养重点实验室、卫生部寄生虫病原与媒介生物学重点实验室、卫生部医学病毒和病毒病重点实验室

中心级重点实验室（3个）：中国疾病预防控制中心化学污染物与健康安全重点实验室、中国疾病预防控制中心辐射防护与核应急重点实验室、中国疾病预防控制中心传染病监测预警重点实验室

下属科研部门（11个）：传染病预防控制所、病毒病预防控制所、寄生虫病预防控制所、性病艾滋病预防控制中心、慢性非传染性疾病预防控制中心、营养与健康所、环境与健康相关产品安全所、职业卫生与中毒控制所、辐射防护与核安全医学所、农村改水技术指导中心、妇幼保健中心

根据2020年7月官网显示，中国疾病预防控制中心共发表论文14892篇，其中中文11502篇，英文文章3390篇，年度发表数量增长25余倍。

《卫生研究》是由国家卫生健康委员会主管，中国疾病预防控制中心主办，中国疾病预防控制中心营养与健康所承办，由深圳市疾病预防控制中心、深圳市慢性病防治中心、中国疾病预防控制中心环境与健康相关产品安全所和职业卫生与中毒控制所协办，系中文核心期刊；被“Chemical Abstract Service（CA）” 、“Abstract Journal of Russian （AJ）”和“Index Medicus/Mediline（IM）”收录。此外，《卫生研究》每年有部分文章被“Science Citation Index，Sci”所收录；被中国学术期刊（光盘版）全文收录、为《中国学术期刊综合评价数据库》、《中文科技期刊数据库》、《中国期刊全文数据库》、《中国生物医学文献据库》、《中国生物医学期刊文摘数据库》、《中国核心期刊（遴选）数据库》来源期刊。

《中国疫苗和免疫》杂志于1995年10月创刊，由国家卫生健康委员会主管，中国疾病预防控制中心主办，是国内唯一专门报道免疫规划和疫苗可预防传染病专业的国家级学术期刊，是科技部中国科技论文统计源期刊（中国科技核心期刊）、北大中文核心期刊。

《疾病监测》杂志由中华人民共和国卫生健康委员会主管、中国疾病预防控制中心主办、中国疾病预防控制中心传染病预防控制所承办的国家级学术性期刊，于2017年作为“中国精品科技期刊”入选为“中国精品科技期刊顶尖学术论文（F5000）”项目来源期刊。被《中国科技论文与引文数据库》、《中国学术期刊光盘版全文数据库》、《中国学术期刊综合评价数据库》、《中国期刊全文数据库》、《中国生物医学文献数据库》、《中国生物医学期刊文摘数据》、《中国学术期刊网络出版总库》及《化学文摘》（CA）、《哥白尼索引》、《国际农业与生物科学研究中心》、《乌利希期刊指南 》（Ulrichsweb）等中国国内外权威数据库或检索机构收录。

《中国媒介生物学及控制杂志》是由国家卫生健康委员会主管、中国疾病预防控制中心主办的国家级专业期刊。1985年创刊，双月刊，于2005年被《中文核心期刊要目总览》收录，为预防医学、卫生学类核心期刊（第四版），2009年该刊被中国科技核心期刊（国家科技部中国科技论文统计源期刊）收录；已被美国《化学文摘》（CA）、俄罗斯《文摘杂志》（AJ，VINITI）、波兰哥白尼索引（IC）数据库、中国学术期刊综合评价数据库（CAJCEC）、中国期刊全文数据库、中国核心期刊（遴选）数据库等中国国内外10多家数据库收录。

《病毒学报》是病毒学专业学术刊物，创刊于1985年，为中国精品科技期刊，中国科技核心期刊，北京大学基础医学核心期刊（中文核心期刊要目总览），武汉大学RCCSE（中国科学评价研究中心），中国科学引文数据库（CSCD）核心等来源期刊；被SCOPUS、CA、IM,PubMed、BP、WPRIM、CBST数据库以及CAB Abstracts等收录。

《中华放射医学与防护杂志》创刊于1981年，为月刊，是中国科协主管、中华医学会主办，由中国疾病预防控制中心辐射防护与核安全医学所编辑出版的专业学术期刊。获1997年中国科协优秀期刊二等奖，中华医学会成立80周年和85周年银奖。入选“第4届中国精品科技期刊”。

《中国寄生虫学与寄生虫病杂志》是卫健委主管、中国疾病预防控制中心主办的医学寄生虫学专业学术期刊。先后被列为“中国科技论文与引文数据库（CSTPCD）”（1987年）、“中国科学引文数据库（CSCD）”（1989年）、“中国学术期刊综合评价数据库（CAJCED）”（2002）统计源来源期刊（均为数据库创建之年被收录）。2004年入选为“中国科技期刊精品数据库”。首次获2009年度“百种中国杰出学术期刊”称号。2010年、2013年、2017年分别遴选为第二、第三、第四届“中国精品科技期刊”。2014-2017年连续4年被评选为“中国国际影响力优秀期刊”。2011年以来，均被评选为“RCCES中国权威学术期刊（A+）”。自1992年以中国基础医学类核心期刊入编《中文核心期刊要目总览》1992年版（第1版）以来，已连续入编至2017年版（第8版）。1987年被美国医学索引Medline检索数据库收录（截止到2017年6月），并先后被Scopus（截止到2017年6月）、CABI、汤森路透ZR等数据库收录。先后被评为中华预防医学系列杂志的优秀期刊（1992年度、1994年度），优秀期刊一等奖（1996、2000、2005、2007、2009、2011、2013、2015、2017、2019年度）。2005年度获卫生部首届医药卫生期刊一等奖，2013年度获国家卫生计生委首届优秀期刊奖。2009、2013年度获华东地区优秀期刊奖。2007年度获上海市科技期刊编校质量优秀奖；2010年度获上海市科技期刊审读优秀奖。

截至2017年3月，中国疾病预防控制中心有1个北京市重点学科、2个一级学科博士授予点、2个一级学科硕士学位授予点、8个二级学科博士授予点、8个二级学科硕士学位授予点，以及1个全日制和非全日制专硕学位授予点，有2个博士后科研流动站。

北京市重点学科：病原生物学

学术学位授权一级学科硕士点：基础医学、公共卫生与预防医学

学术学位授权二级学科硕士点：基础医学包括免疫学、病原生物学和放射医学，公共卫生与预防医学包括流行病与卫生统计学、劳动卫生与环境卫生学、营养与食品卫生学、少儿卫生与妇幼保健学、卫生毒理学

学术学位授权一级学科博士点：基础医学、公共卫生与预防医学

学术学位授权二级学科博士点：基础医学包括免疫学、病原生物学和放射医学，公共卫生与预防医学包括流行病与卫生统计学、劳动卫生与环境卫生学、营养与食品卫生学、少儿卫生与妇幼保健学、卫生毒理学

专业学位授权硕士点：公共卫生专业硕士

博士后科研流动站：基础医学、公共卫生与预防医学

截至2017年3月，中国疾病预防控制中心有导师共273人，其中博士生导师76人（含院士5名，其中中科院院士2名、工程院院士3名），硕士生导师165人，专硕导师32人。共授予博士学位857人、硕士学位2338人（其中学术型硕士学位1684人、专硕学位654人）。在读研究生555人（博士生163人、硕士生296人、在职MPH硕士生96人），共招收博士后科研人员198人，在站博士后23人。

2007年起，中国疾病预防控制中心与澳大利亚格里菲斯大学合办“中国疾病预防控制精英培养（CDCLP）”奖学金项目，至2017年已有五批共计58名公共卫生专业人员赴澳参加学习，其中33人获得了MScPH（格里菲斯大学）硕士学位。2002-2016年，中心共举办国家级继续医学教育项目822项，培训学员近9.6万人次，其中传染病预防控制国家级继续医学教育基地项目132项、培训学员近1.5万人次。2001-2017年，中国现场流行病学培训项目（CFETP）累计招收16期共331名学员，累计有248名学员毕业；2期西部FETP共招生81名学员，76名学员已毕业。

中国疾病预防控制中心标识以中国地图为主体，上面书写英文简称“CDC”，外环为斜体圆环。

使命：通过对疾病、残疾和伤害的预防控制，创造健康环境，维护社会稳定，保障国家安全，促进人民健康。

2018年，被中华全国总工会授予“全国五一劳动奖状”。

2020年9月8日，该组织获得中共中央、国务院、中央军委授予的“全国抗击新冠肺炎疫情先进集体”荣誉称号。

2020年9月，中国疾病预防控制中心寄生虫病预防控制所援鄂应急队被授予“上海市抗击新冠肺炎疫情先进集体”称号。

2022年3月，中国疾病预防控制中心卫生应急中心、病毒病所基因测序团队、传染病管理处、病毒病所 BSL-3 实验室被全国科技系统抗击新冠肺炎疫情表彰工作领导小组办公室表彰为“ 全国科技系统抗击新冠肺炎疫情先进集体”。

2022年，中国疾控中心传染病所巾帼应急团体被授予2021年度全国三八红旗集体荣誉称号。

2022年11月29日，中国疾病预防控制中心入选中国科协2021-2025年第一批补充认定的全国科普教育基地名单。