中日贸易舰队司令曾经同时是澳门最高行政长官，管辖澳门葡萄牙人的一切事物。1587年2月，兼领葡萄牙的西班牙国王首次指派掌管行政与司法的大法官，剥夺了中日贸易船队总司令在澳门期间拥有的行政与司法权力，而澳葡选举的地方长官仅在中日贸易船队总司令离开澳门期间，与大法官共享统治澳门的权力。1623年7月7日，葡印总督任命了首任澳门总督，并赋与他高于市议会的权力。

中日贸易舰队司令曾经同时是澳门最高行政长官，管辖澳门葡萄牙人的一切事物。

1587年2月，兼领葡萄牙的西班牙国王首次指派掌管行政与司法的大法官，剥夺了中日贸易船队总司令在澳门期间拥有的行政与司法权力，而澳葡选举的地方长官仅在中日贸易船队总司令离开澳门期间，与大法官共享统治澳门的权力。1623年7月7日，葡印总督任命了首任澳门总督，并赋与他高于市议会的权力。

葡萄牙人在澳门建立居留地后，驻印度果阿的葡葡牙印度总督便将这一居留地隶属果阿，并规定在这块居留地上生活的葡葡牙人须服从每年自印度前往中国，日本的中日贸易船队司令的管辖。

中日贸易船队司令这一职务，有着特别优厚的酬报，每年由葡国国王，或由葡印总督以国王的名义，授予一个为王室作出杰出贡献的葡萄牙绅士，如果这个绅士不拟远航，他可以将这一职务拍卖给愿出最高价格的葡萄牙人。

每年的中日贸易船队司令由于购买中国货物和等候西南季风须在澳门停留10固月到1年。在这一段时间内，他是居往澳门葡萄牙人的军事，行政，司法，贸易等一切事务的最高长官。到第二年离开澳门时，后一任的司令即已抵达，便开始后一任的统治。由于季风等原因，常会发生2个有时甚至3个司令同在澳门的情况。1583年议事会成立，基本取代了中日贸易船队司令的职能。1623年（明天启三年）葡萄牙正式派出第一任澳门总督，中日贸易船队司令管辖居澳葡人的部分职权改由澳督执掌。但国王或葡印总督以国王名义派出的澳督，常由中日贸易船队司令兼任。