丽江流官府衙选择在金虹山下，并以新府衙为中心大兴土木建营房、仓库、书院、筑城墙，形成一片新城区。杨馝之后的流官知府元展成、管学宣除继续建新城区、改善民居外，还建先农坛，疏浚玉泉水，开挖西河，使黑龙潭公园一带当时就成为“依山面水，殿阁高耸，古树浓荫，寒潭漱玉“的风景区。这期间，丽江城镇面貌大为改观。

根据《光绪丽江府志稿·卷二》记载，府署：“在北门内。本朝雍正元年改土设流，知府杨馝建。

其规制大堂居中，左右厢房各六间，进而二堂三间，左右厢房各五间。

堂之左角为厨房二间，右翼为升官祠三间。

其右为花厅，前为阅躬亭各三间，进二堂为虎座门，又进为上房五间，左右厢房各四间，小厨房二间。

出大门为仪门五间，左右差房各五间。

出仪门而大门，东西辕门，各三间，旁置鼓楼各一间，自仪门而左转为考棚，大堂五间，东西文场各十二间。

流官府衙目前除西侧券门及院内一棵大榆树外，今已无其它遗存，上世纪在其遗址处修建了丽江武警支队营房及丽江市农机监理所的办公场所。

后期修建的办公、居住建筑体量偏大、风貌现代，与古城的环境风貌极不和谐。

清雍正二年（公元1724年），丽江改土归流，建城被看做改流后的一件重大政事看待。

第一任流官杨馝修建了府城，府城选址避开了木氏土司的府城，也避开了四方街，在背靠金虹山、座北朝南的高地上兴建流官府城。

流官府城的建设，带有明显的流官在云南少数民族地区推行的中国传统的城建指导思想，府城中心兴建了府衙、县衙为代表的府治之所，同时，还兴建了以雪山书院为代表的中原文化传播机构，开儒学，广教化。

流官府城建好后，方圆1.5平方公里的“大研里”这座小城就同时存在着木氏土司府城（木府）和流官府城两座府城的奇特史实。