1974年，执导个人第一部电影《
监狱风云录》，从而开启了他的导演生涯，该片讲述了一个名叫杰姬的女子因吸毒而被送进了女子监狱后发生的故事。1980年，拍摄喜剧片《
梅尔文与霍华德》，该片获得第37届威尼斯电影节金狮奖提名。
1991年，执导由
安东尼·霍普金斯、
朱迪·福斯特联袂主演的惊悚片《
沉默的羔羊》，该片获得第45届英国电影和电视艺术学院奖电影奖-最佳影片提名、第15届日本电影学院奖最佳外语片提名，乔纳森·戴米凭借该片获得第41届柏林国际电影节银熊奖最佳导演奖、第64届奥斯卡金像奖最佳导演奖。
1993年，乔纳森·戴米执导首度探及敏感话题的艾滋病作品——传记片《
费城故事》，该片由
汤姆·汉克斯、
丹泽尔·华盛顿合作主演，获得第44届柏林国际电影节金熊奖提名。1998年，执导改编自普立策获奖作品的爱情片《
真爱》，该片由
奥普拉·温弗瑞、
丹尼·格洛弗合作主演。
2002年，执导由史蒂芬·迪兰、
桑迪·纽顿合作主演的悬疑惊悚片《
迷情追杀》。2003年，执导纪录片《
农学家》。2004年，执导改编自理查德·康顿所著同名小说的惊悚悬疑片《
谍网迷魂》，该片由丹泽尔·华盛顿、
梅丽尔·斯特里普合作主演，获得第31届美国电影电视土星奖最佳动作/冒险/惊悚电影。
2007年，执导由
吉米·卡特、
罗丝琳·卡特、
拉里·金联合主演的纪录片《
来自草原的人》，该片获得第64届威尼斯电影节传记电影奖、欧洲人权电影奖和地平线和国际影评人周单元。2008年，执导爱情家庭片《
蕾切尔的婚礼》，该片由
安妮·海瑟薇、
罗丝玛丽·德薇特、
德博拉·温格等联袂主演，获得第65届威尼斯电影节金狮奖提名。
2011年，与
麦克·怀特、
米古尔·阿塔等联合执导由
劳拉·邓恩，
戴安·拉德共同主演的喜剧《
顿悟人生》，该片讲述了一个有自毁倾向的女人顿悟觉醒，决定重新生活的故事。2014年，执导剧情片《
建筑大师》，该片讲述了一位毁灭性的天才索尔尼斯的故事。
2015年，执导由梅丽尔·斯特里普、
麦米·古默、
凯文·克莱恩等领衔主演的音乐喜剧片《
瑞奇和闪电》，该片讲述了一个年轻时为追求名利而抛弃家庭的女人多年后与疏远的儿女修复感情，并试图挽回家庭的故事。
2016年，执导纪录片《贾斯汀·汀布莱克与田纳西孩子们》，该片主要聚焦贾斯汀·汀布莱克在拉斯维加斯一场演唱会的台前幕后。2017年，执导由
桑娜·莱瑟、
海伦·亨特联合主演的犯罪剧《
导火线一枪》，该剧于3月22日在美国首播。
角色性格突出是乔纳森·戴米电影的特点（《深圳晚报》评）。他是一个宽宏温暖、有同情心的人，一直在为需要帮助的人们送去温暖，然后运用艺术、音乐、诗歌、还有电影的力量去填补空缺（梅丽尔·斯特里普评）。
乔纳森·戴米一生都致力于制作纪录片——一个常常被边缘化的类型，因为它们的预算和商业价值通常低于虚构作品。他无疑是将音乐有机地融进了电影中的导演；很少有人能够像他那样善于敏感地捕捉那些细微而纯粹的新意（Mtime时光网评）。