乙巳之变指在日本飞鸟时代，由中大兄皇子、中臣镰足等人暗杀苏我入鹿，并消灭苏我氏宗家的一场宫廷政变。之后，中大兄皇子改革了日本政治体制，史称“大化改新”。日本一般通俗的说法也将暗杀苏我入鹿的事件称之为“大化改新”，但是严谨的说法是将政变事件称之为“乙巳之变”，之后一连串的政治改革被称之为“大化改新”。

622年4月8日（推古天皇三十年二月二十二日）（也有说是推古天皇二十九年二月五日），执掌朝廷政权的厩户皇子（圣德太子）去世。圣德太子死后，再没有能压制大豪族苏我氏的人，苏我氏的专横日甚一日，其权势到了欺凌天皇家的地步。

626年6月19日（推古天皇三十四年五月二十日），苏我马子去世，其子苏我虾夷继承了“大臣”之位。

628年4月15日（推古天皇三十六年三月七日），推古天皇没有指定继承人就去世了。有力的皇位继承者有田村皇子和山背大兄王（圣德太子之子）。虽然山背大兄王有苏我氏的血统（圣德太子之母是苏我马子的姐妹苏我小姊君，山背大兄王之母是苏我虾夷的姐妹），但是山背大兄王贤能，同时有上宫王族（圣德太子一族）势力的支持，这些都是苏我氏专权的阻碍，所以苏我虾夷反而拥立没有苏我氏血统的田村皇子。苏我虾夷消灭了拥立山背大兄王的叔父苏我境部摩理势，拥立田村皇子即位，即舒明天皇。苏我氏的权势日盛一日，豪族们无法在朝廷中出仕，只有苏我氏一党能出仕。

641年11月17日（舒明天皇十三年十月九日），舒明天皇去世，皇后宝皇女即位，即皇极天皇。苏我氏的专横更甚往夕。

642年（皇极天皇元年）7月，因为久旱无雨，苏我虾夷在百济寺祭拜菩萨像、四天王像，众僧诵经、烧香，苏我虾夷进行祈雨。第二日，只下了一点点雨，之后就完全无雨。

642年8月，皇极天皇在南渊川边祭拜四方，进行祈雨，不久雷雨大作，持续了5日。人们纷纷称皇极天皇为“至德天皇”。这是苏我氏和天皇家在被认为是古代君主资格的祈祷力方面的较量，天皇家取胜。

同年，苏我虾夷及其子苏我入鹿为了建造自己的陵墓，劳役全日本的民众，连圣德太子一族的领民也包括在内，圣德太子的女儿大娘姬王为此悲愤控诉。

643年（皇极天皇2年）10月，苏我虾夷托病，未经朝廷允许，私自将紫冠授与长子苏我入鹿。苏我入鹿成为大臣，苏我虾夷的次子取得了原属于物部氏的“大臣”之位（以苏我入鹿兄弟的祖母是物部守屋之妹为理由）。

643年（皇极天皇2年）11月，苏我入鹿欲拥立有苏我氏血统的古人大兄皇子为天皇，因此有力的皇位继承权者山背大兄王成了苏我入鹿野心的阻碍。苏我入鹿派巨势德太、土师娑婆连率军进攻山背大兄王所居住的斑鸠宫。山背大兄王凭舍人数十人，拼死抵抗，击杀土师娑婆连，但最终逃往生驹山。此时山背大兄王的亲信三轮文屋君劝山背大兄王逃往东国以图东山再起，山背大兄王不愿再给百生带来战乱之苦，又回到了斑鸠寺，和上宫王族的王子们一起自杀，有圣德太子血统的上宫王族就此灭亡。苏我虾夷听说了苏我入鹿灭亡山背大兄王一族的暴行后，发出了“此举危及了苏我氏”的叹息。

神官一族的中臣镰足（藤原氏的始祖）憎恨苏我氏的专横，秘密筹划打倒苏我氏的计划。中臣镰足首先接近轻皇子（日后的孝德天皇），但发现他的器量还不够，就继续寻找能起到武装政变核心作用的人物。

在法兴寺踢球时，中大兄皇子（日后的天智天皇）的皮鞋踢球时踢脱了，被中臣镰足捡到交给中大兄皇子。就是这个缘分，让俩人亲近起来。中大兄皇子和中臣镰足在南渊请安的私塾，学习周公、孔子的儒学，在往返的路上，密议打倒苏我氏的计划。中臣镰足更进一步，把苏我一族的长老苏我石川麻吕引入了反苏我入鹿的阵营，让苏我石川麻吕之女作了中大兄皇子的王妃。

645年（皇极天皇三年），三韩（新罗、百济、高句丽）进贡的使者来到日本。在举行三国的进贡仪式之时，大臣苏我入鹿也必定会出席。中大兄皇子、中臣镰足认为这是个好机会，决定暗杀苏我入鹿。

645年6月12日，在举行三国的进贡仪式之时，皇极天皇出席大极殿，古人大兄皇子随侍身旁，苏我入鹿也入朝。苏我入鹿的猜疑心强，日夜剑不离手，在俳优道化的劝说下，苏我入鹿解除了剑。中大兄皇子命令卫门府紧闭宫门。苏我石川麻吕宣读上表文。中大兄皇子持长枪隐藏在殿侧，中臣镰足取弓矢潜藏在一旁。海犬养胜麻吕把两把剑交给佐伯子麻吕和葛城稚犬养网田。

原来负责斩杀苏我入鹿任务的佐伯子麻吕和葛城稚犬养网田俩因为恐惧，于是把饭用水咽下去，便立刻就吐了出来。中臣镰足训斥俩人。苏我石川麻吕宣读表文之时，迟迟不见佐伯子麻吕等人动手，直冒冷汗、声音乱擅、手在抖动。

中大兄皇子看刺客佐伯子麻吕等人畏惧苏我入鹿之威，不敢动手，就亲自跳出去。佐伯子麻吕等人也飞快杀出，砍到了苏我入鹿的头部和肩部。苏我入鹿大惊，站起身来，被佐伯子麻吕砍到一只脚。苏我入鹿倒在皇极天皇御座前，叩首问道：“我有何罪？请天皇圣裁。”皇极天皇大惊，询问中大兄皇子。中大兄皇子答道：“苏我入鹿屠戮皇族，意图夺取皇位。”皇极天皇听了后就退向殿内。佐伯子麻吕和葛城稚犬养网田于是斩杀了苏我入鹿。这日天降大雨，庭院中溢满了雨水。苏我入鹿的尸体只被盖了一层纸障，扔到了庭院中淋雨。

古人大兄皇子逃回自己的宫殿，并说“韩人杀鞍作臣（韩人指中大兄皇子、鞍作指苏我入鹿），吾心痛矣”。中大兄皇子立刻进入法兴寺做好战备。诸皇子、诸豪族都加入中大兄皇子的阵营。归化人汉直一族作为苏我氏一党，聚集在苏我氏的城寨。中大兄皇子派遣巨势德陀作说客，苏我军不战而溃，纷纷逃亡。

645年（皇极天皇三年）6月13日，苏我虾夷在自家的城寨放火，《天皇记》、《国记》及其它珍宝都被点燃，自焚而死。船史惠尺在此时将《国记》从火中抢出，献给中大兄皇子。就这样，长年权倾朝野的苏我氏宗家灭亡。

645年（皇极天皇三年）6月14日，皇极天皇让位于轻皇子即孝德天皇。中大兄皇子被立为皇太子。中大兄皇子任命阿倍内麻吕为左大臣，苏我石川麻吕为右大臣，中臣镰足为内臣（“内臣”是日本飞鸟时代的官职，属于要职），并进行了被称之为“大化改新”的政治改革。

远山美都男推测中臣鎌足、中大兄皇子只是参与乙巳之变的重要人物，轻皇子才是主谋。理由是：乙巳之变后，占据孝德朝的中枢的苏我石川麻吕和阿倍内麻吕，都是在轻皇子的根据地难波周边的势力，其间总和轻皇子有些特殊的关系；乙巳之变后，大和政权迁都于难波长柄丰崎宫等。

当时的时代背景是：在朝鲜半岛的高句丽和新罗两国，642年（皇极天皇元年），高句丽的渊盖苏文发动宫廷政变弑杀荣留王，成为高句丽新的统治者，而643年（皇极天皇二年）新罗的金庾信等人拥护善德女王，镇压了毗昙发动的叛乱，维持了王族中心体制。苏我入鹿消灭了山背大兄王企图集中权力，是有心效仿渊盖苏文；而发动乙巳之变的诸臣则与金庾信类似。以上是吉田孝的观点。

在飞鸟甘樫丘的苏我入鹿邸宅遗址，从2005年开始的挖掘成果证实：在所谓“谷之宫门”的地方是兵舎和武器库。还有的观点认为，从苏我虾夷邸宅的位置和苏我氏建立的飞鸟寺的位置来看，苏我氏在飞鸟板盖宫的修筑城寨，只是为了防备外敌，守卫都城。

这种说法认为：618年建立的大唐的影响力波及朝鲜半岛。在倭国，掌权的苏我氏感受到了来自大唐的军事威胁。为此，一改倭国以往向百济一边倒的外交国策，与朝鲜半岛的各国进行协调合作。与此相对的，向来在外交路线上亲百济的中臣镰足和中大兄皇子等保守派，才意图推翻苏我氏为代表的开明派。打倒苏我氏后，保守派推行亲百济的外交政策，与大唐发生了白村江之战，并战败。所谓的“大化改新”是战败后，得了教训才施行。