乳品科学教育部重点实验室是经教育部2003年批准，东北农业大学和黑龙江省教育厅投资3500万元建设的乳品科学重点实验室，2006年4月通过教育部组织的专家验收，并正式挂牌运行。

乳品科学教育部重点实验室总面积达到6,000 m2，其中有GMP实验室2,000 m2，其他实验室1,400m2，具有先进、完善的研究条件，有HPLC、GC、原子吸收分光光度计、AT/X质构仪、荧光分光光度计、差示扫描量热仪、生物蛋白质纯化系统、ATB菌种鉴定系统、厌氧培养系统、流式细胞仪、高速冷冻离心机、RT-PCR、冷冻切片机、倒置荧光显微镜、多功能发酵罐、冻干机、大型冷冻离心机等仪器和设备等，建成生物学、理化分析、工程技术三个研究平台，可以进行分子生物学、微生物学、化学、营养学、工艺学各方面研究工作。