建有国家果树种质云南特有果树及砧木资源圃。现有职工52人，科技人员35名，具有中高级职称的研究人员25名，承担了10余项重点科研项目。建所以来已获得省部级以上成果40余项，出版专著5部。
围绕云南省主要园艺作物的产业发展需求，以低纬高原特有的蔬菜、果树、食用菌、观赏植物为研究对象，系统地开展果蔬资源保存、育种新技术、栽培新技术、品质分析技术、果蔬产品的采后加工技术以及配套的无公害、绿色食品生产技术等方面的研究。
已收集
果树种质资源1200余份，分属28科、47属、121种；采集了
蔬菜种质资源2300余份，其中：野生蔬菜种质资源82种；收集保存珍贵野生菌种质资源300多份，人工菌优良品种75种400多个菌株（系）；收集观赏园林植物资源45种。在品种选育方面，先后开展了苹果、梨、猕猴桃、柠檬、白菜、辣椒、茄子、食用菌等作物的选育种工作，先后选育出了云白三号、云早、云黄、云香梨、云红梨一号等优良果蔬品种，其中：云香梨是我省第一个获得自主知识产权的果树新品种。具有自主知识产权的云红梨一号果品已开始进入欧美等发达国家水果市场，为云南果蔬产业的发展做出了重要贡献。
研究所与韩国、泰国、新西兰、日本等国家建立了长期的国际科技合作和学术交流关系。与国内的中国农科院蔬菜花卉所、郑州果树所、浙江大学、云南农业大学等研究机构进行了长期科技合作研究。