果树种质资源指的是具有利用价值的果树遗传物质的总体。携带有果树种质的材料，主要是种子和各种无性繁殖用的器官、组织等。具体包括：①对果树育种工作有特殊价值的种、变种、品种、品系和杂种；②具有特定用途如用作果树砧木、中间砧、病毒病害指示植物的野生种和栽培品种；③能直接用于生产的品种和品系，包括需要作为一个独立实体的突变体等；④具有潜在用途但还不了解的野生种和变种。种质资源是育种工作的基础，但迄今已为人类利用的果树种质资源还极有限。因而做好搜集和保存种质资源的工作，对于不断提高果品的产量和质量，增加果树的种类和品种具有重要意义。

中国的果树种质资源十分丰富。以果树中占重要地位的蔷薇科苹果属 (Malus)、梨属(Pyrus)、李属 (Prunus)等温带果树而言，中国可称世界首富。很多柑橘类果树的栽培起源中心在中国。原产中国的果树有白梨、花红、海棠果、桃、李、杏、梅、中国樱桃、山楂、枣、板栗、柿、银杏、香榧、猕猴桃、荔枝、龙眼、枇杷、杨梅等。此外还有不少尚待驯化的栽培果树的近缘种、野生种和砧木资源。中国从世界各地引种果树的工作也早已开始。如葡萄和石榴的栽培种引入中国已有2000年以上历史。引入的种类通过长期的栽培选择，形成了许多适应中国自然条件的生态类型和地方品种。仅梨的栽培品种估计就有1000个以上。中国的果树种质资源也为世界果树品种改良作出了贡献。如桃和甜橙在世界各地、温州蜜柑在日本已普遍栽培；板栗、沙梨、杜梨、秋子梨和山荆子等分别为美国和欧洲的栗、梨和苹果的抗性育种提供了有价值的种质。中国丰富的野生果树资源，如山葡萄、中华猕猴桃、越橘和许多果树砧木资源的开发利用，正在为进一步发展世界果品生产提供更加宽广的领域。

随着现代果树生产的发展，果树优良品种在世界范围内推广，大量原始品种和地方品种被陆续淘汰。这一方面改良了果树品种；另一方面也造成了果树种质的贫乏。特别是19世纪营养繁殖技术广泛推广以后，改良了的新品种的单一无性系在全世界范围内繁衍，使大量原始异质自然体被同质的“标准”品种所取代，品种与品种间亲缘关系过多地接近，对生产构成了危险。如19世纪香蕉主产区热带美洲的品种已只有少数几个三倍体的无性系，它们虽有适合大规模经营和耐远距离运输的优点，但对真菌病害却非常敏感。因此，搜集和保存各种野生、半野生和品质上虽有缺陷但具备某些特色的地方品种，已成为培育优质、抗逆新品种的物质基础。

由于果树主要靠无性繁殖，保存种质资源的方法除在适当地区建立野生果树自然保护区外，主要是搜集有关种质资源建立果树种质保存圃(也称原始材料圃)。圃内对栽培果树的品种、品系概用无性繁殖，并利用矮化砧以增加保存的数量和便于管理。收集的果树种质材料都需经过严格的检疫、编号、登记，并作出初步评价。种质保存圃同时进行果树形态、生理、生化和遗传等多方面的观察研究,必要时对种质进行复壮更新,并随时对育种工作者或生产者提供果树种质材料和有关资料。此外，利用低温、干燥、真空等条件长期地保存果树种子、花粉和营养器官和组织的方法也在研究试验中。随着植物组织培养技术的发展，利用茎尖分生组织培养的超低温贮藏，对保存某些独特种质提供了一个简单、稳定和经济的方法，并已在草莓、葡萄等的种质保存方面取得了初步成果。