2004年8月，国务院作出了深化
农村信用社改革的决定，
云南省的
农村信用社交由
省政府管理。云南省人民政府于2005年3月24日组建成立了云南省农村信用社联合社（简称省联社），承担着对全省农村信用社管理、指导、协调、服务的职能。
按照1951年5月中国人民银行第一次全国农村金融工作会议精神，全国展开农村信用合作组织建设。1952年9月至11月，蒙自县新民乡、昌宁县漭水乡、宜良县蓬莱乡分别成立了农村信用社，云南农信发展的星火就此点燃。农信之火点亮了各族人民对美好生活的希望，农信之光坚定了农民群众发家致富的信心。几代农信人百折不挠，艰苦创业，矢志不渝支持“三农”，坚定不移支持地方经济社会发展，让农信的火种燃烧成地方金融重要的火焰。
2005年省联社的应运而生，云南省农村信用社事业迎来了千载难逢的发展机遇。7年间，在省委、省政府的坚强领导和有关方面的大力支持下，省联社站在新的历史起点，坚持改革创新与云南实际相结合，坚持服务“三农”与加快发展相结合，坚持促发展与防风险相结合，使全省农信社从分散到联合，从蓄势到勃发，迅速扭转了被动局面，云南农信走上了持续稳定健康发展的良性轨道。
2012年至2014年，是云南农信奋勇争先的3年，是云南农信高歌猛进的3年。 目前，全省农信社形成了以省联社为核心、2个市联社、14个州市办事处、125个县级联社、4个县级农合行为一体的三级法人体系。营业网点2431个，职工2.3万多人，金融服务范围遍及城乡。2014年末资产规模7400多亿元，存款余额5600亿元，贷款规模3300亿元；实现利税超过170亿元，居于全省金融同业前列。8项核心监管指标在全国农信系统中位列前10强，存款市场占有率达到25%，位居全国农信系统和全省银行业首位，现已成为省内经营规模最大的银行业金融机构。
目前，全省农信社形成了以省联社为核心、2个市联社、14个州市办事处、98个县级联社、3个农合行、29个农商行为一体的三级法人体系。截至2017年末，全省农村信用社（含农村合作银行、农村商业银行）存款余额7855亿元，贷款余额5177亿元，营业网点2335个，自助设备13800余台，金融服务覆盖城乡，经营规模稳居全省金融机构首位。
2005年3月24日，云南省农村信用社联合社正式成立，至今已建立省联社理事会及下属的信贷、财务、薪酬、风险、稽核监督5个管理委员会，设置信贷、财务会计等15个内设部门；组建了玉溪、
昭通等14个州市办事处，保留
昆明、
曲靖2个市级联社。
2024年，经云南省委、省政府同意，省整治形式主义为基层减负专项工作机制办会同省纪委办公厅对2起整治形式主义为基层减负典型问题进行通报，其中包括：云南省农村信用社联合社频繁开展节庆表彰活动，增加基层负担。
2023年，云南省农村信用社联合社开展节庆表彰活动达13场次，经费支出高，这些活动重形式讲排场，动辄要求全省系统参加，一半以上与业务工作无关，并且要求拍摄制作各类风采展示视频，基层员工反映强烈。2023年旺季营销表彰会暨云南省农村信用社联合社成立18周年活动，要求各州（市）办事处、先进行社、先进个人等拍摄各类视频并在活动中进行展示，为准备这些视频，员工被迫耗费大量休息时间。类似情况在其他活动中也普遍存在。