2004年8月，国务院作出了深化
农村信用社改革的决定，
云南省的
农村信用社交由
省政府管理。省政府于2005年3月28日组建成立了云南省农村信用社联合社（简称省联社），承担着对全省农村信用社管理、指导、协调、服务的职能。
经过七年的改革发展，
云南省农村信用社完成了凤凰涅槃的浴火重生。在云南省委、省政府的正确领导下，在
金融办、财政、人行、银监等部门的大力支持和帮助下，全省农村信用社认真贯彻落实科学发展观和国省联社）正式成立，开启了云南省农村信家金融方针政策，坚持立足“
三农”、服务城乡，支持中小企业，促进经济
社会健康发展的
市场定位，深化改革，
强化管理，创新发展，创造了无愧于时代、无愧于历史的辉煌业绩。
截止2012年3月末，全省共有机构网点2325个，布放自助设备（ATM、
CDM、补登折机）2245台。全省
存款余额3302.86亿元，
贷款余额2096.32亿元，存
贷款规模位居全省金融机构第一位，在西部十二省农信社系统排第二位。全省农村信用社各项
综合指标排列全国农信系统前列。
“十二五”期间，云南省农村信用社改革发展的指导思想是：以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，深入贯彻落实科学发展观，坚持服务“三农”的宗旨，深化体制改革，转变发展方式，提升创新服务，强化规范管理，严控各类风险，构建符合现代银行发展要求的
管理体制和
运行机制，更好地支持云南省“三农”和经济
社会发展。
2005年3月28日，云南省农村信用社联合社正式成立，至今已建立省联社理事会及下属的信贷、财务、薪酬、风险、稽核监督5个管理委员会，设置信贷、财务会计等15个内设部门；组建了玉溪、
昭通等14个州市办事处，保留
昆明、
曲靖2个市级联社。
2024年，经云南省委、省政府同意，省整治形式主义为基层减负专项工作机制办会同省纪委办公厅对2起整治形式主义为基层减负典型问题进行通报，其中包括：云南省农村信用社联合社频繁开展节庆表彰活动，增加基层负担。
2023年，云南省农村信用社联合社开展节庆表彰活动达13场次，经费支出高，这些活动重形式讲排场，动辄要求全省系统参加，一半以上与业务工作无关，并且要求拍摄制作各类风采展示视频，基层员工反映强烈。2023年旺季营销表彰会暨云南省农村信用社联合社成立18周年活动，要求各州（市）办事处、先进行社、先进个人等拍摄各类视频并在活动中进行展示，为准备这些视频，员工被迫耗费大量休息时间。类似情况在其他活动中也普遍存在。